Тайну «Ультра» хранили и французы, когда позволили немцам разбомбить свою столицу. Так, например, летом 1940 года М.Реевский из дешифрованных сообщений люфтваффе узнал о планируемом налёте немецкой авиации на Париж. Польский криптолог сообщил французам количество самолётов, маршрут и высоту полёта, а главнее всего — точную дату и время налёта. Для принятия мер оставалась целая неделя, но сделано ничего не было. В результате 3 июня 1940 года самолёты люфтваффе провели первую бомбардировку Парижа, не встретив никакого сопротивления со стороны французских ВВС и ПВО.
Пока объём информации, полученный в результате дешифровки «Энигмы», был относительно небольшим, обеспечение сохранения тайны организовать было несложно. С увеличением информационного потока и числа его потенциальных потребителей ситуация осложнилась. Сообщать большому количеству лиц информацию «Ультра» было рискованно. У кого-то из них могло появиться желание поделиться информацией со своими подчинёнными, которые в свою очередь могли поделиться ещё с кем-то и т. д.
В итоге интенсивность радиообмена в связи с передачей данной информации выросла бы, и немцы могли заподозрить, что у англичан появился какой-то новый важный источник информации. А здесь уже недалеко до подозрений в ненадёжности своих шифров, в том числе и «Энигмы».
В связи с этим, ни одному получателю информации «Ультра» не позволялось передавать кому-нибудь или копировать радиограммы «Ультра». Все действия, которые начинались на основании информации «Ультра», должны были оформляться приказом или распоряжением без ссылок на радиограммы «Ультра» и с таким расчётом, чтобы не дать противнику повода подозревать, что его радиограммы читались.
Если приходилось начинать действия, которые могли вызывать подозрения у противника (например, систематическое затопление осенью в 1942 году в Средиземном море немецких конвоев, которые везли африканскому корпусу Роммеля топливо), то применялись те или другие меры маскировки. Например, английские корабли и самолёты шли в атаку лишь после того, как над конвоем пролетел разведывательный самолет, который немцы отлично видели.
Нередко при распространении информации «Ультра» делалась ссылка на какого-то агента, который якобы имел доступ к совершенно секретным материалам немцев. Так, например, один из средиземноморских конвоев был уничтожен в сильном тумане. Поэтому «маскировка» самолётом-разведчиком отпадала.
В результате «мифическому» агенту в Неаполе была послана телеграмма с благодарностью за ценные сведения и информированием о повышении его оплаты. Понятно, телеграмма была зашифрована достаточно слабым шифром, который немцы легко «раскрыли» и «списали» гибель конвоя на деятельность этого агента. По некоторым данным, из-за этой телеграммы начальник неаполитанского порта был отстранён от должности по подозрению в шпионаже.
Вот ещё один пример. В декабре 1943 года около норвежских берегов английскими кораблями был потоплен немецкий линкор «Шарнхорст». В официальном сообщении об уничтожении «Шарнхорста» британцы заявили, что линкор случайно наткнулся на английский катер, тогда как в действительности место расположения корабля они определили из перехватов «Энигмы».
Приказ маскировать источник информации при проведении операции «Ультра» исходил лично от Премьер-министра Великобритании. Он также требовал, чтобы ни один получатель информации «Ультра» не имел права по собственной инициативе ставить себя в такие условия, когда появлялась бы наименьшая опасность попадания в плен к противнику.
Некоторым старшим офицерам, которые получали информацию из дешифрованных сообщений, запрещали личное участие в боевых действиях. Иногда возникали парадоксальные ситуации, когда для сохранения секретности операции «Ультра» нужно было поделиться этой информацией с достаточно большой аудиторией.
Например, об операции были ознакомлены сотрудники станций радиоперехвата. В Блетчли-Парке побаивались, что, работая «вслепую», те могли поделиться с кем-нибудь об активном перехвате немецких сообщений и о постоянно растущем объёме этой работы. Если эта информация дойдет до Германии, то там полностью могли правильно интерпретировать этот факт — «Энигма» дешифрована. Однако сотрудники станций радиоперехвата свято хранили в тайне сведения о своей работе.
А вот пример удачного использования информации «Ультра». В феврале 1941 года из расшифрованной радиограммы стало известно, что командующим немецкими войсками в Ливии был назначен генерал-лейтенант Роммель. С этого момента все связанные с его именем радиограммы получили гриф особой срочности. В результате большинство грузов, адресованных генералу Роммелю, уничтожались британской авиацией в океане, причем немецкое командование даже не представляло себе причину гибели своих судов.