Полное представление о враждебных операциях русского представителя МИД ЧСР получил только впоследствии, когда началась дешифровка его рабочих телеграмм на линии Прага — Москва.
В сентябре 1921 года Прага обратилась к одному из лучших криптологов мира Андре Ланге из швейцарской Лозанны с просьбой дешифровать русские депеши. Советник в Берне Павел Барачек заплатил ему 2250 швейцарских франков аванса, что составляло приблизительно двухнедельную зарплату местного чиновника. Однако Ланге, который прославился во время войны, вернул депеши через полгода: «К сожалению, я не могу прочитать. Ключ взломать невозможно».
Осенью 1921 года дешифровать депеши попытался чехословацкий криптоаналитик Франтишек Клубичко. После консультации с офицером Главного штаба (далее — ГШ) Армии ЧСР штабным капитаном Йозефом Ружеком Клубичко нашел методику для их дешифровки. В конце года он прочитал первую депешу.
Клубичко в своем докладе от 13 ноября 1938 года писал: «Расшифровано 143 русских и 51 украинская депеша в 1921, 1922 и 1923 годах. Работы приостановлены и возобновлены летом 1926 года. В 1926-27 годах было расшифровано еще 146 депеш. Они были зашифрованы несколькими ключами, и у каждой был свой индивидуальный пароль, поэтому даже после обнаружения метода каждая депеша представляла самостоятельную проблему».
В общей сложности Клубичко и его коллеги прочли 280 телеграмм, и только около 20 им так и не удалось дешифровать. Не исключено, что среди них мы нашли бы ответы на некоторые важнейшие вопросы, которые остались без ответа. В частности, о поддержке восстания в Галиции, о поисках доступа к Генштабу и о координации деятельности чешских коммунистов.
В 1922 году штабскапитан Ружек создал и возглавил криптологическое подразделение в составе разведывательного отделения ГШ Армии ЧР. Его учителем был Андреас Фигль, австрийский криптолог военной дешифрировальной службы (нем. Dechiffrierdienst), которая входила в состав разведывательной службы Его Величества Императора Франца Иосифа I (нем. Evidenzbüro).
В начале своей карьеры он занимался криптологической деятельностью частным порядком, но после того, как получил много теоретических и практических знаний, изучая доступную специальную литературу и известные на то время шифры, достиг высокого профессионального уровня.
В 1924–1925 годах Ружек организовал и вел заочные письменные курсы для обучения военнослужащих профессии криптоаналитика-дешифровщика. Сначала в армейских кругах он находил талантливых учеников, а затем присылал им письменные задания. Конечно, с возрастающей сложностью заданий количество курсантов постепенно уменьшалось. Поскольку армейское начальство не понимало важности такого образования, курсанты могли учиться только в свободное от службы время.
Йозеф Ружек всегда подчеркивал, что качественное обучение армейских дешифровщиков затем «окупится сторицей», но понимания «верхов» так и не нашел. Теоретические и практические знания, полученные в результате курсовых занятий, вошли в обширное 10-летнее исследование под названием «Системы шифрования и инструкции по раскрытию криптограмм».
В результате 3-х заочных курсов он получил группу из 4-х сотрудников, названную как «ШИФР», которая была сосредоточена на шифровании корреспонденции, проходящей среди военных в представительствах ЧСР за рубежом и в штаб-квартире.
Обеспечение операций шифрования в армейских системах связи, а также прослушивание радиопереговоров и перехват переписки противника находилось в ведении командования объединенными силами Армии ЧСР. Несмотря на то, что за деликатное занятие по сбору секретных сообщений противника отвечало другое армейское руководство, Ружек также этим занимался и обеспечил успех этой криптоаналитической деятельности.
С тех пор, как Гитлер пришел к власти, радиопереговоры немецкой армии, ВВС и ВМФ шифровались надлежащим образом. А их перехватом и дешифровкой стал заниматься 2-й (разведывательный) отдел ГШ Армии ЧСР. Благодаря огромным усилиям этого отдела и группы «ШИФР» Ружека эти зашифрованные коммуникации были частично взломаны.
Этот успех стал возможным благодаря сотрудничеству чехословацких армейских дешифровщиков с коллегами из Венгрии и Австрии. Помогли этому и контакты Ружека с его бывшим учителем Фиглем и его опытными коллегами. Одним из них был криптоаналитик Герман Покорный, который во время Первой мировой войны успешно раскрывал русские и итальянские системы шифрования.
Подписание 16 мая 1935 года советско-чехословацкого Договора о взаимопомощи сделало возможным сотрудничество двух стран в области разведки. А уже летом Прагу посетила делегация Разведывательного управления РККА. В результате переговоров принято решение о сотрудничестве военных разведок СССР и ЧСР против Германии.
Соответствующий документ с чехословацкой стороны подписали тогдашний начальник 2-го (разведывательного) отдела ГШ полковник Шимон Дргач и начальник военной агентуры полковник Моймир Соукуп. Стороны наметили два основных направления совместной деятельности — обмен информацией и агентурная работа.