Попытки конструктивного общения между монархически настроенным правительством Столыпина и либерально-нигилистической – в любом созыве – Думой потерпели полное фиаско, что и стало основной причиной того, что большую часть своих проектов Столыпин вынужден был проводить в периоды между роспуском одной и созывом другой Думы. Впрочем, о работе Государственной думы, органа законосовещательного, о принимаемых ею решениях Столыпин отзывался весьма снисходительно: «...У вас нет ни сил, ни средств, ни власти провести его (решение) дальше этих стен, провести его в жизнь, зная, что это блестящая, но показная демонстрация», или еще: «...это ровная дорога, и шествие по ней почти торжественное под всеобщее одобрение и аплодисменты, но дорога, к сожалению, в данном случае приводящая никуда».
Стремясь ликвидировать источник социального недовольства путем проведения аграрной реформы, Пётр Аркадиевич не забывал и о другом факторе неустойчивости государства Российского (его поражающей воображение многонациональности. Считая предоставление национальных автономий гибельным для государства – и совершенно правильно, как показал опыт СССР). Столыпин пытался централизовать страну за счет ее «хребта», национальной образующей – русских.
Столыпин показал негибкость и отсутствие деликатности в разработке национальной политики, руководствуясь принципом «не утеснения, не угнетения нерусских народностей, а охранения прав коренного русского населения», хотя на деле этот принцип зачастую оказывался одним из главных для русских, независимо от того, где они проживали. Столыпиным был разработан проект закона о введении земств в шести западных губерниях (Минской, Витебской, Могилевской, Киевской, Волынской, Подольской). Согласно ему, выборы в земства должны были пройти по национальным куриям, следовательно, главенствующую роль в них играли бы русские.
Нужно особо отметить, что Столыпин никогда не позволял себе высказываний, унижавших или оскорблявших национальные чувства других народов, кроме русского, населявших Российскую империю. Петр Аркадиевич был русским патриотом, понимавшим, насколько важно развитие национального самосознания, достоинства, сплочения всех народов, проживающих на территории государства. Об этом свидетельствует такое рассуждение Петра Аркадиевича: «Народы забывают иногда о своих национальных задачах; но такие народы гибнут, они превращаются в назем, в удобрение, на котором вырастают и крепнут другие, более сильные народы». Однако проводимая им политика отнюдь не способствовала разрешению национального вопроса.
И все же Столыпину недоставало гибкости. Не сумев привлечь в правительство ни одного из лидеров оппозиции, да и по большому счету не особо желая с ней, оппозицией, договариваться, он постепенно терял популярность у широких слоев населения и лишился последних, хотя изначально и достаточно призрачных, шансов на сотрудничество с Думой. Аграрная и политическая реформы Столыпина восстановили против него как дворян, видевших в них посягательство на свои привилегии, так и левых, боявшихся потерять избирателей и влияние на общество (лозунг «Чем хуже – тем лучше!» еще не был озвучен, но уже витал в воздухе), умудрился попасть в немилость к Ее Императорскому Величеству, которая считала, что Столыпин затеняет ее обожаемого Никки, наконец, он потерял и поддержку монарха, открыто выступая против влияния на царскую семью Григория Распутина и прочих кликуш-богомольцев. Восстановив против себя все общественные силы, он был вынужден опираться только на полицейский аппарат, отчаянно борясь с наступающей революцией и анархией. В своих «Воспоминаниях» Сергей Юльевич Витте пишет: «Столыпин последние два-три года своего правления водворил в России положительный террор, но самое главное – внес во все отправления государственной жизни полицейский произвол и полицейское усмотрение».
Долго так продолжаться не могло, было совершенно понятно, что срок столыпинского кабинета министров истекает. Столыпин подал прошение об отставке в марте 1911 года, мотивируя свое решение тем, что Государственный совет окончательно отклонил законопроекты о западных земствах. Николай II после недолгого раздумья отставку не принял и поддержал Петра Аркадиевича, однако всем окончательно стало понятно, что на политической карьере Столыпина поставлен жирный крест. Впрочем, до отставки он не дожил.
1 (14) сентября 1911 года, во время посещения Николаем II празднеств в Киеве, Столыпин был смертельно ранен в Киевской опере. Покушение совершил Дмитрий Богров, сын местного владельца многоэтажного дома и двойной агент, работавший и на охранку, и на эсеров.