Субмарина не была старой. В 1933-м году предприятие «Союзверфь» и немецкий концерн «Дешимаг» заключили договор о совместной разработке подлодок. Тогда между Германией и СССР отношения были хорошими. Сначала подлодки даже хотели назвать «Н», что значило «немецкая», но потом переименовали в тип «С», что означало «Сталинец». В рамках этого советско-немецкого сотрудничества построили три субмарины «С-1», «С-2» и «С-3». Подлодку спустили на воду в конце 1936-го года. Она участвовала в «Зимней войне» с Финляндией, а ее экипаж считался довольно опытным. Командовал субмариной капитан-лейтенант Николай Александрович Костромичев. Из вооружения, помимо торпед, подлодка «С-3» имела 4-х дюймовую пушку главного калибра, установленную перед рубкой и 45-ти миллиметровое орудие позади рубки. Командование сочло вооружение подлодки достаточным для патрулирования водного района. К тому же, в арсенале подлодки имелись и ручные пулеметы, которые, в случае опасности, устанавливались на рубке. Казалось бы, этого вооружения должно было хватить для противостояния двум деревянным торпедным катерам немцев, которые внезапно появились на горизонте. Но, 4-х дюймовая пушка, сделав пару выстрелов, перестала стрелять, потому что переклинило ржавый спусковой механизм. Катера продолжили атаку, подошли ближе и выпустили торпеды. Впрочем, не попали. Подлодка маневрировала и отстреливалась. Во время боя выяснилось, что комендоры на подлодке стреляли очень неточно. Они никак не могли попасть в катера даже с близкого расстояния из оставшегося исправным орудия и из ручных пулеметов.
Если бы «Яков Свердлов» не успел к месту боя вовремя, подлодка вполне могла быть потоплена врагами. Но эсминец появился как раз в тот момент, когда немецкие торпедные катера, поняв, что стрелки на субмарине неважные, кружили на большой скорости вокруг подлодки, поливая ее свинцом из 20-ти миллиметровых автоматических пушек и из пулеметов. Обшивка подлодки уже вся покрылась дырами, многих из экипажа подлодки ранило, а несколько краснофлотцев погибли. Командир головного немецкого катера настолько обнаглел, что даже хотел уже подойти на бросок ручной гранаты, чтобы добить гранатами советскую подлодку. А почему бы и нет, раз экипаж подлодки совсем не умеет стрелять? Но прибывший на помощь эсминец сразу изменил положение. Залп главным калибром с большого расстояния, хоть и не достиг цели, но отогнал наглые «шнельботы» от жертвы.
Вражеские катерники быстро поняли, что против эсминца почти никаких шансов у них нет. Торпеды на катерах закончились, да еще на их беду стволы автоматических пушек перегрелись от интенсивной стрельбы по субмарине. Оставалось надеяться только на пулеметы и скорость. Экипажи «шнельботов» не привыкли сдаваться. У них имелся богатый боевой опыт. Немецкие торпедные катера, как реальная военно-морская сила, впервые за время войны громко заявили о себе в контексте бегства англичан из Дюнкерка в конце мая 1940-го. Тогда мировые информационные агентства сообщали: «во время эвакуации английских экспедиционных сил немецкие торпедные катера потопили в Ла-Манше английский вспомогательный крейсер, у Остенда потопили английские эскадренные миноносцы «Уэйкфул» и «Графтон», а также лоцманское судно «Комфорт», у Гельдера потопили подводную лодку». Москитный флот Германии действовал быстро и нагло. Пользуясь малозаметностью и высокой скоростью, «шнельботы» не однажды выходили победителями даже из противоборства с эсминцами.
В этот раз что-то пошло не так, удача неожиданно переметнулась на другую сторону. И «шнельботы» попробовали удрать. Но, не тут-то было. Экипаж поврежденной подлодки, только что казавшийся деморализованным и беспомощным, увидев идущий на помощь эсминец, приободрился и открыл плотный огонь из всего, что имелось на борту, даже из винтовок. Пробоины в деревянных корпусах «шнельботов» множились, вода поступала внутрь, и скорость немецких торпедных катеров начинала падать. А эсминец, между тем, догонял. Упавшая до тридцати узлов скорость не позволяла катерам оторваться от эсминца, делающего больше тридцати узлов. Немецкие моряки пытались отстреливаться из пулеметов, но, к их изумлению, старый эсминец неожиданно оказался вооружен многочисленными крупнокалиберными пулеметами и даже автоматическими пушками, а его комендоры стреляли достаточно неплохо. И пара залпов эсминца решила исход боя.
Получив критические повреждения, и поняв, что сбежать уже не удастся, немцы прекратили стрелять, застопорили машины, легли в дрейф и спустили флаги. Они сдавались. Командир одного из катеров демонстративно застрелился и утонул, упав за борт. Второй не последовал его примеру, он был моложе и хотел жить. Потому, выполняя указания Александра Лебедева, который выкрикивал команды на немецком языке через громкоговоритель с мостика эсминца, вражеский капитан-лейтенант подвел наполняющийся водой, но все еще остающийся на плаву катер к борту «Якова Свердлова».