Фон Вальдек был уверен, что смерть предводителя, к тому же позорная смерть, заставит Мюнстер сдаться. Однако этого не случилось. Ни Книппердолинк, ни Ротман не обладали потенциалом, достаточным, чтобы заменить лидера. На его место встал молодой Иоанн Лейденский, не только облекший себя властными полномочиями, но и взявший третьей женой свежеиспечённую вдову Маттиса Дивару.
Епископ продолжал бездействовать. Теперь для получения преимущества требовался серьёзный шаг: Иоанн Лейденский справился с хаосом, возникшим в Мюнстере после смерти прежнего лидера. Пассивные осады, когда осаждающая сторона ждёт, пока голод сделает своё дело, чаще всего завершаются успехом. Но Мюнстер был неплохо обеспечен припасами, и опытный командующий понимал, что город сдастся не скоро.
Возможно, Фауст стоял рядом с епископом, наблюдая за вздымавшимися над Мюнстером клубами пыли, когда осаждённые рушили городские колокольни – символы власти римского папы и епископа. Анабаптисты мало-помалу превращали «жемчужину Вестфалии» в руины, исключение было сделано лишь для церкви Святого Ламберта и нескольких других, на которых собирались установить пушки.
Произведя необходимые работы по осушению рва, епископ 22 мая предпринял решительный штурм. Штурм начался с четырехдневного артобстрела, в ходе которого на город упало около 700 ядер. Войска епископа подготовились основательно: в распоряжении штурмовых отрядов имелись крючья, длинные лестницы и соломенные маты для преодоления топкого рва. Но солдаты, которым было приказано атаковать на рассвете, с обеда принялись пить. Очнувшись к вечеру и увидев на горизонте красное солнце, они решили, что это восход. С криком «На штурм!» наёмники пьяной походкой двинулись вперёд. Забыв взять соломенные маты, они начали тонуть в грязи, став лёгкой мишенью для оборонявшихся. Епископ потерял около 200 солдат убитыми и ранеными. С противоположной стороны жертв почти не было.
В конце июля в городе произошло возмущение, за стенами слышались выстрелы и крики. Несогласные во главе с кузнецом Генрихом Молленхеке даже арестовали Иоанна Лейденского и заключили его в тюрьму, требуя отказаться от введения многожёнства. Лейденский, освобождённый своими сторонниками, установил диктатуру. Генрих Молленхеке и с ним ещё сорок восемь человек были казнены. Нерешительный епископ фон Вальдек упустил ещё одну возможность.
Несколько месяцев ушло на повторный отвод воды из рва, после чего епископ смог предпринять новый штурм. Возможно, обратился к Фаусту с вопросом: «Благоволят ли мне звёзды?» Каким бы ни был ответ, он потонул в пушечном грохоте, когда «Дьявол», «Мать дьявола» и многочисленные отпрыски начали обстрел города. Главные ворота Мюнстера были серьёзно повреждены, но ответный огонь анабаптистов не позволил солдатам епископа развить успех. За ночь осаждённые укрепили стену, а начавшиеся проливные дожди, превратившие землю в грязное болото, остановили вконец промокшую армию фон Вальдека.
В конце августа дожди наконец прекратились, и епископ смог атаковать. Закалённым в боях ветеранам, профессиональным убийцам, дали решительный отпор защитники города, большинство которых были верующими анабаптистами, далёкими от военных дел. Атака захлебнулась у внутренней стены, с которой на штурмующих лили кипящую смолу и негашёную известь. При отступлении наёмники попали в засаду и были истреблены. Епископ потерял 42 офицера и несколько сот солдат. Потери «Общества Христа» составили 15 человек. Лейденский продолжал удерживать город, и его сторонники вновь запели «Крепость могучая – наш Бог». Что, они не имели на это права?
Войско епископа, вначале насчитывавшее 8000 бойцов, за несколько месяцев осады уменьшилось вполовину. Хотя некоторые действительно погибли в атаках, не принесших никакого результата, большинство элементарно дезертировало. Эти люди были наёмниками, которые не получали жалованья и потому не считали, что должны идти в бой. Они ничем не были обязаны епископу, а епископ, напротив, задолжал им изрядную сумму. В конце октября в лагере осталось только 3000 солдат, ещё надеявшихся, что нанявший их епископ выполнит свои обещания. Если Фауст также полагался на деньги епископа, он, несомненно, испытывал жестокую нужду.
Тем временем анабаптисты снарядили секретную миссию, отправившуюся проповедовать в соседние города. Зациклившийся на своей религиозной мании Иоанн Лейденский, или «король Ян», как он себя теперь называл, пришёл к идее, что по его призыву должны подняться все окрестности. На рассвете город незаметно покинуло 27 человек. Они быстро нашли сочувствующих и провели обряды крещения в Косфельде, Оснабрюке и Варендорфе. Но епископ, на стороне которого была сила, убедил выдать ему анабаптистских проповедников. Лишь один человек из миссии избежал смерти, вернувшись в Мюнстер в цепях и при последнем издыхании. Находясь где-то в лагере епископа, Фауст мог отлично видеть всю ситуацию: только своевременные действия епископа и его готовность к насилию смогли остановить дальнейшее распространение анабаптистской заразы.