Под ее контролем осуществлялись разработка генерального плана строительства клинического городка для Академии медицинских наук СССР, клиники для 2-го медицинского института, возводились стадион в Лужниках, памятник Юрию Долгорукому, цирк на проспекте Вернадского и еще 10 цирков по стране, строительство музыкального детского театра, Хореографического училища Большого театра, Библиотеки иностранной литературы, Картинной галереи на Крымском валу, хранилища Библиотеки имени Ленина в Химках.
Фурцева любила блистать на партийных пленумах, а ее манера выступления была нетрадиционной: выучив все наизусть, она почти не заглядывала в написанный текст, создавая полную иллюзию экспромта. В 1957 г. она ввела в практику работы МГК проведение в Лужниках (или в Колонном зале Дома союзов) приветственных митингов трудящихся, посвященных возвращению Н. С. Хрущева из зарубежных поездок.
Во время внутрипартийного кризиса в июне 1957 г. Фурцева активно выступила в Президиуме ЦК КПСС на стороне фактически смещенного Н. С. Хрущева, чем помогла его победе над сторонниками сталинской линии. Она спасла Хрущева от заговора, она верила в него, рисковала должностью, благополучием, жизнью.
Екатерина Фурцева вошла в состав комиссии по делам реабилитации военнопленных и занималась проектом строительства мемориала на Поклонной горе. В начале 1960-х гг. она побывала с визитом дружбы в Индии и Непале. Оказавшись на выставке Святослава Рериха, Екатерина Алексеевна пригласила художника в СССР с персональной выставкой, а потом занималась наследием Рерихов.
Власть и большие возможности вскружили ей голову, и тогда же в телефонном разговоре с А. А. Аристовым она критически отозвалась о Хрущеве. Разумеется, Никите Сергеевичу незамедлительно стало известно содержание их беседы. Разгневанный Хрущев на следующем Пленуме ЦК освободил ее от должности секретаря ЦК КПСС. Следующим шагом Хрущева было решение не включать сторонников Н. Г. Игнатова (в которую входила и Фурцева) в состав Президиума ЦК КПСС. По воспоминаниям А. И. Микояна, он также поддержал это предложение, хотя ему было очень жаль Фурцеву.
С 1960 по 1974 г. Фурцева работала министром культуры СССР. На XXII съезде КПСС в октябре 1961 г. М. А. Шолохов сказал о ней, что писатели давно мечтали о таком обаятельном и умном министре. Однако затем он ловко высмеял основные положения ее выступления (призыв к молодым писателям отправиться на «стройки коммунизма»). На этом съезде Фурцева не была избрана секретарем ЦК, но членом ЦК осталась. Вернувшись домой, от отчаяния она вскрыла себе вены. Прибывшие врачи застали ее в тяжелом состоянии, но смогли спасти. В знак протеста Фурцева не явилась на заключительное заседание съезда.
В кулуарах много говорили о ее «выходке». На следующий день она была представлена Хрущевым для вывода из состава ЦК КПСС «в опросном порядке», но в последний момент Н. С. Хрущев изменил свое решение и проект подготовленного документа не прошел.
В начале марта 1962 г. Фурцева была вызвана на заседание Президиума ЦК, где от нее в резкой форме потребовали объяснений почему она не явилась на заключительное заседание съезда. Вызвали и ее мужа Н. Фирюбина, к тому времени – заместителя министра иностранных дел, избранного на том же съезде кандидатом в члены ЦК. На Президиуме ее и мужа резко критиковали. Фурцева признала свои ошибки и обещала сделать соответствующие выводы. После этого она стала более замкнутой и недоверчивой.
В ее семье начались скандалы, она часто ссорилась с мужем, который, по словам ее подруг, был ей по-прежнему неверен. В прежней семье у Фирюбина уже росла внучка, а с Екатериной общих детей у них не было. Со Светланой, дочерью Фурцевой от первого брака, Николай Фирюбин так и не нашел общего языка.
Строптивым министром заинтересовались контрольные службы. Так, КПК при ЦК КПСС объявил ей выговор за «использование служебного положения в корыстных целях». Поводом к этому послужило приобретение за копеечную цену строительных материалов, выделенных на реконструкцию Большого театра, для постройки личной дачи. Дачу отобрали, но 25 000 рублей, которые она внесла за строительство, ей все же возвратили.