Злые языки того времени уже тогда называли Бориса «тайновидцем» и «отравителем». Он не пользовался любовью у сослуживцев именно в силу скрытности и пристрастия к доносам. Ловко используя предоставившиеся возможности, Годунов участвует в свадьбе Ивана Грозного на Марфе Собакиной, приходившейся дальней родственницей всесильному фавориту царя Малюте Скуратову. Через некоторое время он сватается к дочери Малюты, Марии, в том же 1571 г. становится его зятем и на этой почве завязывает близкую дружбу с двоюродным братом Скуратова – Богданом Бельским, также фаворитом Ивана IV. Вне всякого сомнения, это был настоящий брак по расчету: хитрость и властолюбие Бориса сочетались при его женитьбе со связями, недюжинной волей и обширным познаниями в изготовлении ядов Марии Скуратовой. Стремление угодить всемогущему самодержцу предусмотрительный фаворит сочетал с обходительностью и начитанностью, чем завоевал симпатию и младшего царского сына Федора. Повышение следует за повышением: в 1578 г. Борис назначается кравчим (чашничим) с жалованьем около 10 000 рублей в год. Для того времени это была большая сумма, так как обычный боярин получал в среднем в несколько раз меньше. Через 2 года самодержец позволил своему сыну Федору взять в жены сестру Бориса Годунова, скромную красавицу Ирину. Вслед за этим фаворит был незамедлительно пожалован в бояре, а его жалованье снова увеличилось. Теперь пришло время действовать. Известно, что наследником самодержца считался старший сын Ивана IV, носивший то же имя и полностью повторивший неукротимый и жестокий характер отца. Привередливый царь несколько раз вмешивался в его брачные дела, пока не остановился на Елене Шереметьевой. Федор, младший сын, самим отцом считался слабоумным и не способным к управлению государством. Это было общеизвестным фактом и в придворной среде. Поэтому, возможно, Иван IV с такой легкостью отнесся к выбору им невесты. То, что в следующем году в жизни российского царя случились сразу две трагедии: от его руки погиб старший сын Иван, а сноха Елена потеряла ребенка, – некоторые исследователи напрямую связывают со скоропалительной женитьбой царевича Федора на Ирине Годуновой, а точнее, – с интригами Бориса. Известно, что в последние годы жизни Иван IV стал агрессивен и неуправляем. Припадки неконтролируемого гнева сменялись периодами слабости и беспамятства. По свидетельству современников, в Москве шептались, что царя околдовали или «опоили зельем», и виновными в этом считали Бориса Годунова, Богдана Бельского и придворного врача-иноземца И. Эйлофа (или Ж. Нилофа). Если учесть, что в останках Грозного и его старшего сына учеными засвидетельствовано присутствие мышьяка и ртути, в своем количестве превосходящее норму более чем в 80 раз, то становится понятным, почему после общеизвестного удара посохом царский сын и наследник умер только через 7 (или 10) дней. Все это время иноземный медик пытался поставить царевича на ноги особым снадобьем, которое предназначено было совсем не для того. В эту же схему укладывается и большая практика в изготовлении ядов супруги Годунова, Марии Скуратовой, по словам современников, «отравившей людей больше, чем насчитывалось дней в году». За отсутствием основного наследника очередь переходила к «болезному» царевичу Федору, который в любой мелочи привык прислушиваться к мнению своего шурина. Таким образом, участь старшего наследника, а впоследствии и самого самодержца была решена хитроумным и целеустремленным фаворитом и его сторонниками. Внешне Годунов стремился противопоставить себя вспыльчивому и жестокому государю и, по словам очевидцев, старался быть со всеми ласковым и приветливым. Есть свидетельство, что в роковой день Борис заступился за царевича Ивана и был избит взбешенным до беспамятства Грозным настолько, что проболел несколько дней. Так ли это происходило на самом деле, остается только гадать. Некоторые исследователи предполагают, что, придя домой, лукавый царедворец усугубил полученные травмы и слег. Его расчет оправдался: противники Бориса донесли государю, что фаворит только притворяется больным. Пришедший в себя и находившийся под гнетущим впечатлением от содеянного Иван IV лично навестил больного, узнал от него «всю правду» и жестоко покарал клеветников.