Постепенно Борис, оказавшийся во главе сильной боярской партии, в основном состоявшей из Романовых и их сторонников, начал расправляться со своими извечными противниками (боярами Шуйскими, Головиными и Колычевыми), в течение нескольких лет боровшимися против него. Так, уже в конце 1584 г. опала постигла Головиных, а в следующем году был насильственно пострижен в монахи их сторонник князь Мстиславский. Во главе оппозиции остались только Шуйские, которые в итоге были сосланы, а поддерживавший их митрополит Дионисий смещен и заменен преданным Борису престарелым ростовский архиепископом Иовом. Сторонники Шуйских были заточены, находились в ссылке или погибли от яда. В результате Борис достиг такой власти, какой, по словам современников, не имел до него ни один фаворит. Вся московская администрация замыкалась на Борисе: он вел дипломатическую переписку и вместе со своим сыном, малолетним Федором, принимал иностранных послов. Постановления Боярской думы 1588 – 1589 гг. позволили ему официально вести внешнюю политику государства от своего имени. К чести этого «серого кардинала» тогдашней российской действительности следует сказать, что вводимые им изменения поначалу во многом способствовали установлению положительного имиджа страны в глазах иностранных государств. Так как Годунов по характеру не был воином, он привык добиваться желаемого при помощи искусно срежиссированных обстоятельств. И поэтому внешняя политика Московского государства во время правления Бориса отличалась по большей части мирным направлением, а войны старались вести только в случае их беспроигрышного исхода. Так, война со Швецией в 1590 г. началась при условии отсутствия у нее польской поддержки. При этом были возвращены потерянные еще при Иване IV города Ивангород, Ям, Корела, Копорье, а затем получена половина Лапландии. Врагами оставались поляки и турки, а худой мир с крымскими татарами считался лучше доброй ссоры. По отношению к национальным рубежам и окраинам бывший фаворит вел себя как усмиритель кочевников и строитель городов. Так, на родовых территориях черемисов и ногаев были построены города, населенные русскими казаками и солдатами (Уржум, Царев-Борисов, Самара, Саратов, Уральск и Царицын). В Астрахани, Курске, Воронеже, Осколе и Белгороде в 1589 – 1590-х гг. воздвигли каменные крепости, а в Сибири были построены города-остроги Тюмень, Сургут, Тобольск, Нарым, Березов, в которые были заселены колонисты из северо-восточной части страны. Отделение московского патриаршества от киевского имело своей целью дальнейшее обособление «столичной церкви» и интеллектуально-духовной элиты того времени и подчинение их сильной светской власти. В области внутренней политики Годунов помогал служилым людям, отстраняя знать и холопов как крайность и пережиток прошлого. Уже созданное закрепление крестьянства становилось средством обеспечения для помещиков-вотчинников. В 1591 – 1592 гг. произошли события, имевшие непосредственное отношение к дальнейшей судьбе фаворита и всего Российского государства: загадочная гибель в Угличе царевича Дмитрия, сына Ивана IV и Марии Нагой, сильный пожар в Москве, нашествие крымского хана Казы-Гирея и смерть в младенческом возрасте единственной дочери царя Федора и царицы Ирины. Для суеверного московского обывателя все эти знамения означали виновность Годунова в тяжких преступлениях на пути его к власти. Для Бориса эти события стали последними рубежами перед достижением заветной цели. Царь Федор скончался бездетным в 1598 г. И с того времени прекратилась династия Рюриковичей на российском престоле. Страшась безвластия и смуты, патриарх и Боярская дума присягнули на верность царице Ирине, но она неожиданно постриглась в монахини и удалилась от дел. Беспрецедентная ситуация, когда формально государственные документы подписывались именем царицы, а фактически страной управляли Боярская дума и патриарх, продолжалась более месяца и, по мнению большинства исследователей, была тщательно инспирирована Борисом, заручавшимся поддержкой всех слоев общества на предмет своего избрания московским правителем. В пользу этого, кроме родства с государем, говорили его «разумное и кроткое» правление и афишируемая сторонниками Годуновых аналогия с «золотым античным веком».