По личному распоряжению Берии был тайно арестован светило мировой биологической науки, отец советской генетики, великий ученый Николай Иванович Вавилов. О его участи не сообщали даже брату, физику, президенту Академии наук СССР Сергею Вавилову. Как было установлено только в 1980-е годы, Николай Вавилов умер в тюрьме НКВД в начале 1943 года.
В марте 1940 года по приказу Берии было расстреляно свыше 20 тысяч военнопленных польских офицеров, содержавшихся после осенней кампании советских войск 1939 года на Западной Украине и Западной Белоруссии в лагерях в Катыни под Смоленском, а также в Осташкове, Старобельске и Козельске. Есть версия, что эта ликвидация была предпринята по настоянию Гитлера, с которым СССР тогда имел дружественные отношения.
Если предшественники Берии расстреливали только ложных советских троцкистов, то Берия взялся за самого этого оппонента Сталина в изгнании. Дело в том, что с ноября 1938 года по февраль 1941 года Берия руководил также Службой внешней разведки СССР, подчиненной в этот период НКВД. Разведчикам под руководством Берии удалось внедрить в окружение настороженно жившего Троцкого своего агента, который смертельно ранил его в окрестностях его дома в Мексике.
Тем временем Берия возвышался в партийной иерархии.
В марте 1939 года он стал кандидатом в члены Политбюро ЦК ВКП(б). 30 января 1941 года Берии было присвоено высшее в органах звание генерального комиссара госбезопасности, которое до него имели только два человека – Ягода и Ежов. Это присвоение было призвано как бы «подсластить пилюлю». Дело в том, что вскоре Сталин вывел из подчинения Берии часть дел, образовав отдельный Народный комиссариат государственной безопасности. Но Берия все равно сохранял значительное воздействие на новый наркомат, так как главой последнего стал его выдвиженец Всеволод Меркулов.Сразу же Берия получил очередное повышение. Оставаясь наркомом внутренних дел, он стал заместителем председателя Совнаркома – правительства СССР. В этом качестве он курировал работу НКВД, НКГБ и ряда экономических отраслевых наркоматов.
«Смерть шпионам!»
Летом 1941 года, когда, казалось, германские танковые клинья неудержимо вонзаются в тело Советского Союза, Сталин поручил Берии деликатное дело: через посредничество болгарского посла в СССР и болгарского МИД выяснить, на каких условиях нацистская Германия могла бы прекратить свою агрессию. Берия выполнил поручение Сталина. По показаниям разведчика Павла Судоплатова, обсуждались некоторые территориальные уступки. Но Гитлер, который был в предвкушении близкой окончательной победы над СССР, отверг всякую мысль о мирных переговорах.
У НКВД в годы Великой Отечественной войны было много работы, связанной с пресечением пораженческих настроений и массовых беспорядков. Достаточно вспомнить волнения, охватившие Москву 15–18 октября 1941 года в связи с эвакуацией государственных учреждений из столицы и слухами о приближении к ней германских войск. Надо сказать, что органы НКВД в целом выполнили свою задачу. В тяжелой военной обстановке они действовали по старинному принципу, восходящему еще ко временам римских императоров: «Лучше пусть будут уничтожены десять невиновных, чем уйдет от наказания хоть один виновный!»
В декабре 1941 года Красная Армия впервые начала освобождать значительные территории, захваченные гитлеровцами. Это возложило на НКВД дополнительные функции: проверку (фильтрацию) освобождаемых советских граждан на предмет их сотрудничества с врагом во время оккупации. Контрразведывательные организации на освобождаемых территориях создали, кроме НКВД, также армия и флот. Все они носили одинаковое название СМЕРШ (сокращение от «смерть шпионам») и конкурировали между собой по количеству «обезвреженных» «врагов».
Сначала управления СМЕРШ были созданы в наркоматах обороны и военно-морского флота. Затем к ним добавился отдел контрразведки СМЕРШ Наркомата внутренних дел. Его возглавил комиссар госбезопасности Семен Юхимович. СМЕРШ НКВД подчинялся непосредственно Берии.
Еще одним постановлением Совнаркома СССР членам СМЕРШ, носившим звания госбезопасности, присваивались соответствующие армейские звания.Берия не только руководил СМЕРШем НКВД, но и влиял на работу СМЕРШ сухопутной армии, так как начальником последнего был его выдвиженец, комиссар госбезопасности 2-го ранга (генерал-полковник) Виктор Абакумов.