Содержательно высказался на данную тему Борис Флоря. Его точка зрения наиболее лояльна по отношению к Новгороду. Называя действия царя продуманными, но абсурдными, он подводит читателя к тому что причин мятежа у новгородцев не было ввиду мелкопоместности данных краев. На северо-западе отсутствовали родовые вотчины потомков Гедимина и Рюрика. Чтобы подтолкнуть к рискованному шагу рядовых служилых людей, причины должны быть серьёзные. А таковых Б. Флоря не обнаружил. Кроме этого, по мнению историка, помещикам была выгодна внешняя политика царя. Они получали завоёванную в Ливонии землю, на которой устраивались новые поместья. К этому же можно добавить довольство купечества. На момент описываемых событий русская Нарва превратилась в крупный центр международной торговли, который посещали суда из многих стран Западной Европы. Новгородско-псковские купцы оказались полноценными участниками торгового процесса. А вот разгром нанес большой ущерб посадскому населению, так как торговля с западноевропейскими странами прервалась на долгие годы. Кроме этого, для русского правительства всегда были очевидны значение и сила влияния новгородской архиепископской кафедры на сознание людей, что подталкивало выбирать сотрудников данной кафедры с особой тщательностью (в том числе, это касается и Пимена).
С. Б. Веселовский подчеркивал, что у новгородских помещиков
Нужно понимать, что сам Дмитрий Михайлович Володихин – носитель сугубо православных идей, иной разс флёром фанатизмом. Он частенько транслирует личные мысли и чувства, пытаясь преподнести их авторитарно и как факт. Если изучать внимательно его работы, становится понятно, в какой восторг и трепет приводит Д. М. Володихина фигура митрополита Филиппа. Это замечательно. Но можно ли считать аргументом? Вряд ли.
И.Граля делает акцент на удручающей атмосфере всего исторического периода, но причин, которые могли бы стать основой заговора тоже не находит и не называет. В результате делает акцент на желании царя покарать как настоящего, так и выдуманного врага.
Интересный нюанс подметил Б. Н. Флоря. Поскольку в заговоре речь идет о передаче города врагу внешнему, должны были сохраниться свидетельства, хотя бы в иностранных архивах. Все – таки, сговор с соседней страной, это не встреча нескольких бояр в тереме.
Но таких доказательств до сих пор и не обнаружено. Ни одного.
Были ли причины изменять у первых советников?
Алексей и Фёдор Басмановы, Афанасий Вяземский, Висковатый, Фуников, Пимен… В результате расследования новгородской измены погибли крупнейшие политические деятели опричной эпохи. Были ли причины у этих деятелей предавать государя, которому они верно и преданно служили? Только вчера они исполняли важные поручения. За что и как попали в список основных подозреваемых главные опричные советники государя?