Название «Заклинательница змей», очевидно, задумывалось как символическое и многозначное, но символ считывался с трудом. В основе сюжета лежала история о красавице-социалистке Вере, работнице фарфорового завода, которая, не желая того, очаровала фабриканта Горелова и решила, воспользовавшись его любовью, передать завод во владение рабочих. Долг верности перед любимым женихом борется в ней с осознанием своего «креста». Магическая притягательность Веры отражена в ее даре — заклинать людей и змей. В то же время «змеиное логово» для нее — это любое «гнездо», которое свили себе эксплуататоры «около каждого рабочего жилья, около каждой фабрики». Есть в тексте и отсылка к стихотворению из сологубовского сборника «Змий». Героиня романа верит в мистическую силу фарфоровой статуэтки, изображающей заклинательницу змей: «Не то это был для Веры талисман, не то знаменование ее судьбы. Как Медный Змий изваянный, которому поклонились в пустыне, чтобы злые не ужалили до смерти змеи». Так библейский сюжет о Моисее, ведшем евреев через пустыню, был переосмыслен в стихотворении Сологуба «Медный змий».
Еще один смысл центрального образа этого текста проясняется благодаря предыдущему роману писателя. В романе «Слаще яда» заклинание змей и змеиное логово были эротической метафорой, означающей проституцию — страшную перспективу, которая виделась впереди сологубовской героине Шане. Двусмысленный эротический подтекст, конечно, присутствует в отношениях Веры с Гореловым. Встречается образ «заклинательницы змей» и в пьесе «Мечта победительница», в которой глаза заклинательницы сияют на лице танцовщицы Лидии — в ее облике это знак одаренности. Но все эти значения были вовсе не очевидны либо, наоборот, слишком навязчиво и рассудочно внедрены в текст.
Основная идея сологубовского романа состояла в том, что заклинательница и змея всегда взаимно очаровывают друг друга и что смелая надежда отнять у богатого, чтобы раздать бедным, — это всего лишь мечта. За подобными фантазиями всегда должен следовать тот, кто имеет на это дерзость, но мечты не всегда даются человеку от Бога. «Вы ужасно поспешная и очень доверчивая. Всё хорошее в социализме принадлежит христианству», — говорит Вере маленькая девочка-проповедница, дочка «божьего человека» Разина. Красота Веры и ее мораль — по-язычески первобытные. «Язычницей» называла себя Людмила, любимая героиня Сологуба в «Мелком бесе». Язычница, по сути, и его Вера.
Несмотря на простое происхождение, эта героиня — истинная «царица». Разночинцы и фабриканты выглядят рядом с ней плебеями, тем более что отрицательных героев Сологуб размалевал как самых низких негодяев. Сын Горелова, молодой Николай, шантажирует собственную мать, инженер Шубников подслушивает и подсматривает в домике, который Горелов специально оборудовал для любовных свиданий. И только сам Горелов — главный антагонист Веры по сюжету — обнаруживает широкий и сильный, неоднозначный характер. Крупное зло, по Сологубу, не так отвратительно, как «мелкие бесы». И в конце концов красавица Вера без сожаления пристрелит Шубникова, как гадину, последовав примеру героев-убийц из других сологубовских романов.
Главная сюжетная линия «Заклинательницы змей» начинается с поединка двух волевых натур — Веры и Горелова. Получив ключ от домика для любовных свиданий, Вера, как Катерина в «Грозе» Островского, уже решила свою судьбу. Она еще колеблется относительно способа, каким совершит свой подвиг: убьет ли его, себя, попросит ли фабриканта написать завещание на рабочих. А если он и напишет это завещание, неясным для героев романа остается, смогут ли рабочие одной отдельной фабрики наладить свое новое хозяйство, станут ли они счастливее, не получится ли, что слепец ведет слепых?
В финале воля Горелова сломлена: не притронувшись к Вере, он жертвует ей свое состояние. Фабрикант уходит, а Вера чувствует к этому пожилому, разбитому человеку жалость, странно похожую на нежность. В другом месте романа Сологуб прямо говорит, что сочувствие — это и есть наша русская любовь. Как и обещал автор, заклинательница повержена одновременно со змеем. Роман заканчивается сентиментально. Вера, получившая от Горелова завещание на свое имя, убита ревнивым женихом. Значит, рабочие не получат фабрику. Горелов тоже погибает. Он умрет от апоплексического удара в тот момент, когда жена понесет ему капли. Любовь и смерть, так же как в драматургии Сологуба, в этом романе ходят рука об руку.
Если рассматривать приведенный сюжет с точки зрения заложенных в нем символов, как того хотел автор, «Заклинательница змей» — роман о моральном проигрыше, о гибели и пролетариев, и буржуа, и даже прилипших к ним подлецов-разночинцев. Работники и «угнетатели», по Сологубу, бывают объединены не только ненавистью и непониманием, но и непонятной любовью, которую сам писатель мог чувствовать в детстве и юности к своей названой «бабушке», нанимательнице его матери — Галине Агаповой.