Разобщив свои силы на черноморском и прибалтийском направлениях, Россия оказалась не в состоянии завершить быстрый разгром противников. Война затягивалась. Царь вынужден был произвести некоторые перемещения в высшем командном составе армии. В марте 1808 года генерал Кутузов, оставив должность киевского губернатора, направляется в Молдавскую армию, где принимает командование главным корпусом. Еще через год корпус Кутузова оказывается под крепостью Браилов. С первых же дней прибытия, используя богатый опыт и инженерные знания, генерал начинает тщательную подготовку штурма. Подготовка была прервана неожиданным вмешательством командующего армией фельдмаршала А. А. Прозоровского, приказавшего «крепостью немедля овладеть». Сопротивление Кутузова столь необдуманному решению успеха не имело. Самонадеянность фельдмаршала была жестоко наказана. Несмотря на большие потери, штурм оказался неудачным. Вину же за плачевный исход боя в своем донесении в Петербург Прозоровский возложил на командира корпуса. Александр I, получив возможность «реабилитации» за Аустерлиц, немедля воспользовался ею. Кутузов от командования главным корпусом был отстранен. Повелением царя его должны были перевести командовать резервным корпусом, находившимся на второстепенном направлении в той же армии. Однако Прозоровского такое решение не устраивало. Не желая иметь свидетеля своих неблаговидных поступков, он ходатайствует перед царем о полном удалении Кутузова из вверенной ему армии.
Повторным рескриптом царя Кутузова назначают литовским военным губернатором.
Михаил Илларионович, конечно, не мог не понимать происходившего. Еще в 1809 году он писал в Петербург Екатерине Ильиничне: «…Состояние мое здесь становится мне тяжело при всем моем терпении. Фельдмаршал делает все по советам других. Однако же за всякую неудачу сердится тут же и на меня так, как бы точно делал по моему совету. Мое положение тем тяжелее, что я должен скрывать все неудовольствие мое, не показывать никому виду, чтобы не испортить службы. Да и тебя прошу никому об этом не говорить и ко мне об этом не писать, буду терпеть, пока смогу…»
Должность литовского военного губернатора (по количеству находящихся там войск, должностному положению и окладу) была третьестепенной. Неслучайно Михаил Илларионович снова писал Екатерине Ильиничне: «…Правда, что расстройка моему состоянию переводится совсем в Вильну… и ежели оставят при обыкновенном содержании военного губернатора, то, ей-богу, жить в Вильне невозможно… Прозоровский что-то писал на меня, то есть налгал, а я имею свидетелей всю армию, которая вся, кроме подлых интриганов, обо мне жалеет…»
В июле 1809 года Кутузов снова был в Петербурге. Радость встречи с семьей омрачалась безуспешными попытками показать истинное положение дел под Браиловым. В августе того же года он снова оказался на посту литовского военного губернатора. Пришлось начинать все сначала. Жизнь как бы отбросила Кутузова на десяток лет назад.
Между тем обстановка в Европе становилась все более напряженной. Наполеон энергично готовился к вторжению в Россию, рассчитывая на союз с Турцией и Швецией. Обстоятельства требовали немедленного прекращения войны как на юге, так и на севере.
В этой сложной ситуации Александр I, несмотря на свою неприязнь к Кутузову, весной 1811 года вынужден был отправить его снова на юг, на должность главнокомандующего всеми находящимися здесь войсками.
Положение там было к тому времени чрезвычайно трудным. В связи с отправкой пяти дивизий на западную границу группировка русских войск насчитывала всего 46 тысяч человек. Турецкая же 70-тысячная армия под командованием великого визиря Ахмет-паши, имея превосходство, сама перешла в наступление. В неравных условиях борьбы Кутузову предстояло не только одержать победу, но и принудить Турцию к заключению мирного договора.
Сразу же по прибытии в армию новый главнокомандующий производит решительную перегруппировку войск. Вместе с тем он же наряжает отряд генерала Орурка для связи с сербами и создает болгарское ополчение.
Уже в июле 1811 года Петербург был приятно удивлен военной хитростью генерала. Уступая противнику в силах, Кутузов блестяще выиграл Рущукское оборонительное сражение. Турецкая армия, потеряв более пяти тысяч человек, не только не смогла овладеть крепостью, но и была преследована на десять верст. Осенью того же года Петербург жадно ловил сообщения из Молдавской армии. События горячо обсуждались всюду. Особенно много гостей бывало в доме Екатерины Ильиничны, регулярно получавшей письма от мужа. Одни хотели знать обстоятельства нелепой гибели сына великого русского полководца Александра Васильевича Суворова — генерал-лейтенанта Аркадия Александровича, утонувшего в реке Рымник на том самом месте, где отец его когда-то одержал замечательную победу над турецкой армией, другие — подробности блистательной победы русских войск при Слободзее.