Уже с первых дней пребывания предпринимаются решительные шаги по «военизации» программы. Значительно большее место в обучении стали занимать отработка тактических приемов, ориентирование на местности, маршевая подготовка, владение оружием. Больше внимания стало уделяться вопросам фортификации и артиллерийскому делу.
Методы, применяемые Кутузовым, были самыми различными. Чтобы вызвать интерес у воспитанников к инженерному делу, в помещении большой рекреации был поставлен разборный макет «Вобановой крепости» с краткими пояснениями. Там же находилось хорошо иллюстрированное французское издание по инженерному делу в сорока частях. И надо сказать, что кадеты с удовольствием возились здесь в свободное от занятий время, совершенствуя свои знания. В корпусе были две двенадцатифунтовые пушки. По строгому графику времени воспитанники изучали устройство этих орудий, практикуясь в приведении их в боевое и походное положения, занимаясь наводкой на цель и учебной стрельбой.
Изменилось отношение к физическому воспитанию юношей. Стали обязательными гимнастические занятия, соревнования (в беге, преодолении препятствий, плавании, стрельбе). Популяризировались различные спортивные игры: в мяч, городки, чехарду и т. д. Зимой в свободное от занятий время кадет непременно выводили на Неву кататься с ледяной горки.
На приведенном в порядок и утрамбованном строевом плацу юноши четко печатали шаг, отрабатывая исполнение различных ружейных приемов и действий в строю. Хорошо организованные строевые занятия не только способствовали физической закалке, но и вырабатывали у кадет сноровку, выправку, собранность и дисциплинированность. Конечно, не обошлось и без трудностей. Время на изучение некоторых дисциплин пришлось сократить. Особенно «обиженными» оказались учителя танцев, музыки и этикета.
Как уже говорилось, для подготовки преподавателей и воспитателей в кадетский корпус принимались и дети мещан. При этом устав корпуса предусматривал совместное обучение их с детьми дворян. Но со временем дворянская молодежь была обособлена. Кутузов же, несмотря на сопротивление опекунского совета, настоял на объединении групп. Объяснил он это необходимостью освобождения преподавателей корпуса от излишней нагрузки. Настаивая на таком решении, Михаил Илларионович, конечно, понимал, что, занимаясь совместно, кадеты исподволь, с детства научатся ценить людей не за их происхождение, а за их способности, труд и незаметно «привыкнут не пренебрегать теми, кто по законам общества определен к низшему против них состоянию». Это должно было, конечно, привести к уважению низших чинов, к способности видеть в солдате человека, без чего рассчитывать на успешную работу будущих офицеров в войсках было трудно. Кутузов постоянно подчеркивал: «Я получил многие чины, награды и раны. Но лучшей наградой почитаю, когда обо мне говорят: он настоящий русский солдат!» Неслучайно на «говорящей стене» было помещено еще одно его изречение: «Господам офицерам в сражениях прилежно замечать, кто из нижних чинов больше отличается храбростью и духом твердости и порядка. Таковых долг есть высшего начальства скорее производить в чины, ибо корпус офицеров всегда выигрывает получением храброго офицера, из какого бы рода он ни был».
Екатерина II удовлетворила ходатайство Кутузова об изменении организационной структуры корпуса, введенной Бецким. Вместо расплывчатой полувоенной организации с делением на возрасты были вновь созданы роты, а командиры их стали полноправными начальниками, несущими по уставу всю ответственность за подчиненных.
Словом, дела в корпусе изменились к лучшему. «Глубокое проникновение в суть дела, твердость тона, решительность действий и спокойная деловитость генерала Кутузова, — пишет современный историк Н. И. Алпатов, — свидетельствовали о том, что корпус находится в надежных руках».
В феврале 1795 года петербургская знать была уязвлена неожиданным решением императрицы назначить генерала Кутузова на должность командующего войсками в Финляндии. Особенно озадачивало сановников то, что решение было принято в нарушение устава кадетского корпуса. Одна из первых статей его категорически требовала отстранения руководителя этого учебного заведения от всех других обязанностей, «дабы через то не истребилось недремное проворство и строгость порядка, которые безотлучно его, днем и ночью, в корпусе пребывания требуют».