Кто не знает, что в России нередко бросались громадные суммы на бесполезные, но бьющие в глаза затеи, в то время как наши высшие школы и научные институты лишены возможности делать самые необходимые затраты.. Это внешняя сторона дела. Но и во внутренних распорядках нашей высшей школы дело обстоит не блестяще. В записке 342 ученых было высказано, что из высших школ сделано орудие политики, и это не было фразой, а несомненной истиной. Если в циркуляре говорится противное, то это можно объяснить лишь незнанием таких, например, фактов, что во всех высших учебных заведениях постоянно есть известный контингент учащихся, состоящих агентами департамента полиции, и что провокаторство со стороны таких агентов свило себе в учебных заведениях такое же гнездо, как и среди рабочих. Напомню еще общеизвестный факт, что в наших университетах со введением устава 1884 года благоденствовали сплошь и рядом бездарные и отставшие от науки профессора и в то же время изгонялись талантливейшие люди, принужденные затем или окончательно бросить профессорскую деятельность или читать лекции на чужбине. Мне много лет уже приходится руководить занятиями молодых геологов, как еще учащихся в высших школах, так и окончивших курс, и мне до очевидности ясно, что умственные силы у нас далеко не прогрессируют за последние двадцать лет. Присматриваясь внимательно к ходу развития нашей высшей школы, я не мог не убедиться, что при современном строе единоличные силы лица, поставленного даже и во главе любой школы, ничего сделать не могут. Вот почему несколько лет тому назад я должен был отклонить сделанное мне предложение стать директором одного из старейших в Петербурге высших учебных заведений. Все, что переживает русская школа, давно пережили учебные заведения, например в Германии, и только незнакомство с историей заставляет нас поражаться неустройством наших школ, как каким-то явлением, свойственным исключительно России. В тридцатых годах прошлого столетия волнения молодежи в германских университетах были обычным явлением и сопровождались такими же тяжелыми потрясениями в академической жизни, и лишь в конце сороковых годов наступило полное успокоение, давшее также блестящие плоды в умственной жизни народа.
Не желание смутьянить и сбивать молодежь с прямого научного пути, а горячее стремление вывести наши высшие школы на путь спокойной умственной жизни заставило нас высказать те взгляды, которые нашли такое резкое осуждение в циркуляре. Десятки лет уже мечутся наши школы, и никто из ведающих эти школы не нашел лекарство против их болезни. Ведь перебрано много средств, и к чему они привели? Неужели нам можно ставить в вину, что мы высказали свои убеждения в негодности всех практиковавшихся способов врачевания и указали те условия, которые, по крайнему нашему разумению, могут внести покой в наши высшие школы и обусловить правильный ход умственного развития народа. Циркуляр ссылается на тяжкое время, переживаемое Россией, но именно это время и обязывает всех добросовестных граждан честно и открыто высказывать свои взгляды на общественные бедствия, а не умывать руки, подобно Пилату» [22]. Это письмо красноречиво характеризует высокую принципиальность и гражданственность Ф. Н. Чернышева.
Смелость гражданской позиции Ф. Н. Чернышева проявилась во многих эпизодах его деятельности как директора Геологического комитета. Известна его постоянная поддержка талантливого геолога комитета и преподавателя Горного института Л. И. Лутугина, которого царское правительство преследовало за антигосударственную деятельность. После того как в связи с распоряжением министра внутренних дел в 1907 г. Л. И. Лутугин был уволен из Геологического комитета, Ф. Н. Чернышев обходными путями все-таки сумел оставить его фактическим руководителем работ Геологического комитета в Донецком бассейне [23].
Департамент полиции возражал против участия Н. Н. Яковлева в работах по Донецкому бассейну из- за того, что он преподавал в воскресных школах для рабочих и подозревался в антиправительственной деятельности. Ф. Н. Чернышев со свойственной ему решительностью заверил Горный департамент, что он будет работать в поле без общения с рабочими на рудниках и заводах [24].