Важной задачей Ф. Н. Чернышев считал последовательное отстаивание в органах Горного ведомства научной направленности и автономии Геологического комитета. Эта позиция четко сформулирована им в ответе на запрос австрийского «Geologische Reichsanstalt». Он писал, что главная деятельность Геологического комитета «должна носить строго научный характер и как таковая служит основой для решения практических задач, выдвигаемых жизнью: при горном деле, при постройке путей сообщения и портов, при водоснабжении подземными источниками и т. п. В настоящее время в России Геологический комитет играет роль консультативного органа при решении всех вопросов практического характера, но сущность его деятельности как научного института ничем не нарушена. Поэтому и при выборе геологов комитет, согласно § 24 своего статута, руководствуется исключительно достоинством научных работ абитуриента в области геологии, палеонтологии, петрографии и минералогии. Связь Геологического комитета с Горным ведомством официально выражается лишь в том, что директор комитета состоит членом Горного совета и Горного ученого комитета; в существе же своей деятельности Геологический комитет пользуется широкой автономностью, перенося лишь ограниченный круг решений на утверждение министра... Комитет не подчинен Горному ведомству, и их взаимные отношения регулируются участием директора Геологического комитета в высших учреждениях Горного ведомства. Установившиеся отношения к Горному ведомству таковы, что последнее оказывает Геологическому комитету содействие доставлением при посредстве Горной инспекции всевозможных сведений как по существующим разработкам, так и по буровым работам... Правда, геологи комитета не имеют права оказывать какое-либо давление на промышленников при сборе материалов по рудничным и разведочным работам, но в таком давлении, насколько мне известно, в тридцатилетней практике комитета и надобности не встречалось, так как сами промышленники не старались делать из своих данных тайны, хорошо понимая, что только сопоставлением фактов, собранных на большой площади, возможно сделать правильную оценку отдельных фактов. За весь долгий период работ комитета нашлись только две иностранные компании, которые, плохо зная русские горные законы, отказали геологам в сообщении результатов бурения. По сообщении этого Горному департаменту Горная инспекция по телеграфу получила поручение немедленно потребовать сообщения всех необходимых материалов по бурениям, и это -бьиш исполнено немедленно. Я полагаю, что только при такой постановке возможно воспользоваться всеми материалами, полученными при горных работах. Если у Вас дело не будет так урегулировано, то, само собой разумеется, нельзя будет и приступать к осуществлению таких практически важных задач, как пластовые карты, описание детальных рудных районов и т. п.» [39]
.Эти и другие материалы подтверждают, что Ф. Н. Чернышев занимал активную позицию во всех высших инстанциях, отстаивая интересы дальнейшего развития геологической службы на строго научной основе.
С самого возникновения Геологического комитета вопросы кадровой политики находились в центре внимания руководства и Присутствия. Последовательно отстаивался высокий-статус штатного геолога комитета, который приравнивался к профессорской должности. Кандидаты на эту должность отбирались с большой требовательностью, на основании высоких профессиональных качеств ученого-геолога. Все это в итоге обеспечивало высокую продуктивность работ Геолкома.
Большое значение в решении кадровой проблемы имело Положение 1912 г. Ф. Н. Чернышев справедливо связывал расширение штатов Геологического комитета с качественно новым этапом геологических исследований. Это потребовало еще большего внимания к подбору кадров, который проводился со всей тщательностью. При этом Ф. Н. Чернышев не торопился заместить все должности. В отчете комитета за 1913 г. отмечалось: «Присутствие комитета воздержалось от замещения всех должностей геологов и адъюнкт-геологов к началу полевых работ уже первого года действия нового положения, полагая, что от некоторой постепенности при переходе от прежнего положения к более широкому развитию работ комитета дело не пострадает. Если правительство, законодательные учреждения и заинтересованные промышленные сферы справедливо настаивают на необходимости известного уравновешивания между академической и прикладной сторонами работ Геологического комитета, что всегда и преследовалось комитетом прежнего состава, то тем более Присутствию надлежало быть осторожным в деле замещения всех имеющихся свободными штатных должностей»[40].