Много труда было положено Ф. Н. Чернышевым на создание регулярно выходящего научного издания — «Трудов Геологического музея», так как он считал, что «издание собственного органа — одно из непременных условий правильного развития музейного дела» [25]
. Благодаря его ходатайствам в 1907 г. было получено разрешение на издание трудов музея отдельными выпусками, составляющими в течение года один том. Это значительно способствовало оживлению и укреплению авторитета музея.Большие надежды, впоследствии вполне оправдавшиеся, возлагал Ф. Н. Чернышев на В. И. Вернадского, избранного в 1906 г. академиком на кафедру минералогии, долгое время (после смерти П. В. Еремеева) остававшуюся вакантной. Однако отсутствие самых обычных приборов и инструментов, а также крайняя бедность помещения музея не позволили В. И. Вернадскому сразу по-настоящему приняться за работу в музее, а вынудили его вместе с Ф. Н. Чернышевым заниматься доставанием хотя бы минимальных средств для него [26]
. Ф. Н. Чернышев поддерживал В. И. Вернадского в годы его работы в музее во многих прогрессивных его начинаниях, в частности в организации исследований радиоактивных минералов, которые были им начаты в 1909—1913 гг. на средства Геологического музея и Минералогического общества, которых было явно недостаточно для систематических изысканий. Специальная комиссия Академии наук, в которую входил Ф. Н. Чернышев, признала целесообразным предложение В; И. Вернадского о признании радиоактивных руд государственной собственностью и представила смету расходов на исследование месторождений и на организацию и оборудование лаборатории в 1914—1916 гг.[27]При Ф. Н. Чернышеве была широко развернута экспедиционная деятельность музея. Ученый хранитель музея И. П. Толмачев был начальником организованной Русским географическим обществом Хатангской экспедиции (1905—1906 гг.), которая, как и крупнейшая Русская полярная экспедиция под руководством Э. В. Толля (1900-1903 гг.), доставила в музей многочисленные коллекции, обрабатывавшиеся затем многими видными специалистами. Молодой и энергичный В. И. Воробьев много сделал для упорядочения минералогической части музея и активно участвовал в экспедициях на Кавказ, доставив оттуда много коллекций. В 1906 г. во время очередной экспедиции он погиб на леднике горы Дзитаку. Это была большая потеря для науки. Он завещал Геологическому музею 20 000 руб. для найма служащих и покупки минералогических коллекций. Приглашенный позднее на должность ученого хранителя Я. С. Эделынтейн участвовал в экспедициях на Дальний Восток и в Туркестан, откуда были доставлены ценные палеонтологические и минералогические коллекции. Одна из них обрабатывалась Ф. Н. Чернышевым и легла в основу одной из последних его крупных работ «Фауна верхнепалеозойских отложений Дарваза», которая была подготовлена к печати, дополнена А. В. Нечаевым и опубликована уже после смерти автора. В 1905 г. Ф. Н. Чернышев ходатайствовал перед Академией наук о содействии молодому А. Д. Архангельскому при проведении полевых работ по изучению палеогеновых отложений Центральной и Южной России с условием, что весь материал поступит в Геологический музей. Минералоги музея работали по сбору коллекций на Урале, в Забайкалье, палеонтологией геологи — в Сибири, Европейской России, Крыму, Средней Азии, на Кавказе.
Представляет интерес ходатайство Ф. Н. Чернышева совместно с А. П. Карпинским и В. И. Вернадским перед министерством внутренних дел о разрешении известному впоследствии геологу А. Г. Ржонсницкому обработать в Геологическом музее собранные им коллекции. А. Г. Ржонсницкий, будучи в ссылке в Сибири, собрал ценные геологические коллекции в бассейнах рек Ангары, Вилюя и Лены, обработка которых позволила бы пролить свет на природу рудоносности Вилюйского района[28]
. Аналогичное ходатайство подавал Ф. Н. Чернышев с просьбой разрешить И. Д. Лукашевичу, амнистированному в 1905 г., продолжить работы по геологии и палеонтологии в музее, начатые им во время заключения в Шлиссельбургской крепости.