«Шторьхи» применялись почти повсеместно, поэтому рассказать их историю реально возможно только в виде эпизодов. В дальнейшем «Шторьих» уже не применялись в массовых количествах. Тем не менее Fi-156 оставался рабочей лошадкой наравне с большим Ju-52. «Шторьхи» оказались очень удачными курьерскими самолетами. Ими оснащали отдельные эскадрильи, прикрепленные к танковым группам «Гудериан» и «Клейст», а также к другим армейским соединениям. Формировались специальные связные, курьерские и разведывательные эскадрильи. Число таких эскадрилий, сформированных в разные периоды войны, в составе которых имелись «Шторьхи», превосходит две сотни. К этому числу необходимо добавить одиночные машины, имевшиеся практически в любой разведывательной, истребительной или бомбардировочной части. «Шторьхи» часто передавались в распоряжение старших офицеров. Иногда Fi-156 использовались для спасательных операций на море и прокладки телефонных кабелей. Очень часто «Шторьхи» применялись для эвакуации раненых.
В ходе наступления через Бельгию и Голландию «Шторьхи» ни разу не появлялись там, где шли бои. В воздухе шла борьба между люфтваффе и авиацией союзников. Fi-156 применялись там, где небо уже было очищено от самолетов противника. В частности, описан прилет в деревню Вольфспаласт на «Шторьхе» Германа Геринга, желавшего лично осмотреть наступающие немецкие войска.
В первый день боев во Франции произошел еще один любопытный и таинственный эпизод в истории Fi-156. В тот день были сожжены все двадцать два самолета «Шторьх» из состава Aufklaerungsgruppe 156, при этом погибли два летчика, а еще двое пропали без вести. Историкам так и не удалось узнать подробности этого события. Есть только два наиболее убедительных предположения. Согласно первому предположению на аэродром прорвались французские танки, которые уничтожили незаправленные самолеты. По другому предположению, машины отряда совершили вынужденную посадку на территории, занятой противником, поэтому экипажи поспешили уничтожить машины, чтобы те не достались французам.
В конце мая 1940 года один курьерский «Шторьх» был перехвачен английским «Спитфайром». Но немецкий летчик, используя свой опыт и маневренность машины, сумел переиграть англичанина, и увлечь его под прицельный огонь немецкой зенитной артиллерии.