Филарет (Амфитеатров) весьма уважал своего московского тезку, но в деле перевода Библии изначально стоял против него и свою позицию выдержал до конца дней. После 1855 года он сильно хворал и любил говорить, что число дней его сочтено. Действительно, жить ему оставалось мало и его борьбу против перевода Священного Писания в 1857 году можно назвать предсмертной. Он выдвинул семь возражений. Первое: несмотря на то, что еврейский язык постоянно менялся, книжники оставили текст Ветхого Завета без изменений, ограничиваясь его истолкованием для народа, а стало быть, и нам следует поступать так же. Второе: ввиду возможных повреждений еврейского текста Господь сохранил его в образе греческого перевода, Септуагинты, и сей перевод сделан «под несомненным руководством Духа Божия». Третье: Восточная греческая церковь, приняв Септуагинту, не переводила ее на новогреческий язык, а толковала народу Библию по старому переводу. Четвертое: перевод Российского библейского общества «сделан не только не с благословения иерархов греческих, а решительно без их ведома и вопреки их воле». Пятое: славянский перевод, осуществленный святыми Кириллом и Мефодием, основан на Септуагинте. Шестое: другие славянские церкви не делают переводов на языках своих народов. И седьмое: мысль о русском переводе родилась не в среде иерархии и не в народе, а пришла из Англии, «гнездилища всех ересей, сект и революций». Последнее было несправедливо, получалось, что она пришла из Англии, но и Филарет (Амфитеатров) ее прогнал, и тогда она прямиком — к святителю Филарету (Дроздову), который либо не знал, какова Англия, либо, что еще хуже, знал и стал сторонником мысли, явившейся из «гнездилища всех ересей, сект и революций».
Итак, схлестнулись две правды — правда осторожная и правда смелая. И это хорошо. Не было бы первой, возможны были бы вольности. Не было бы второй, невозможным стало бы миссионерство на просторах империи. Полемика двух Филаретов подобна полемике в XV–XVI веках между Иосифом Волоцким и Нилом Сорским о монастырском стяжательстве и нестяжательстве и об отношении к еретикам — миловать или жечь, где правы оба и в споре не уничтожают один другого, а этим спором с двух сторон мощными подпорками держат Истину.
«Будучи обязан дать по настоящему делу отзыв, призываю Бога, Творца Священного Писания, давшего в лице святых апостолов Церкви Своей дарование языков и наречий, дабы все народы сперва слышали проповедуемое, а потом и читали написанное слово Его каждый на понятном языке и наречии; Бога призываю, чтобы Он не попустил моей мысли и слову уклониться от того, что Ему благополучно и полезно Церкви Его вообще и душам христианским порознь», — писал Филарет Московский, вступая в полемику с Филаретом Киевским по каждому из семи возражений. Дать ответы на возражения киевского владыки его попросил сам император, и ответы эти были очевидны: евреи не переводили древние тексты, но на греческий-то был сделан перевод; греки не переводили с древнегреческого, но на славянский-то был сделан перевод Кириллом и Мефодием, а теперь старославянский столь далек стал от русского, и особенно в последние полвека, что не только паства, но и духовенство далеко не всё понимает из того, что есть в Священном Писании. Есть языки, надолго замедляющиеся в своем развитии, а есть развивающиеся стремительно. Французский XVIII века мало чем отличается от нынешнего. Русский сильно переменился. Прозу XIX столетия наш современник понимает без труда, а написанную в XVIII веке уже не так легко, не говоря уже о той, что отстоит от нас на пять-шесть веков. Язык Шекспира в целом понятен англичанину, а язык русских современников Шекспира нынешним русским кажется диковинным.
На возражение, основанное на том, что другие восточные православные церкви не стремятся к новым переводам, Филарет Московский справедливо отвечал, что, находясь под игом мусульман, они не имеют переводчиков, оттого-то и не переводят.
Теперь оставалось терпеливо ждать, на чью же точку зрения встанет царь, а следом за ним и обер-прокурор. А государь тем временем уже был поглощен мыслями о Крестьянской реформе, и с 3 января 1857 года приступил к работе особый негласный комитет под личным председательством Александра II.
В царском семействе произошло пополнение — родился сын Сергей, будущий московский генерал-губернатор и председатель Императорского палестинского православного общества, тот самый, которого в 1905 году взорвет в Кремле эсер-террорист Каляев. Митрополит Филарет распорядился, чтобы новорожденному отправили большой образ преподобного Сергия, чтобы мог быть поставлен у него в комнате, и другой малый, который был бы у колыбели его и, «может быть, по времени на персях его».