В 1788 году кафедра правящего архиерея была переведена из Ростова Великого в Ярославль, где уже с 1747 года действовала духовная семинария.
Архиепископ Филарет стал шестьдесят восьмым архиереем Ярославской и Ростовской епархии. Его предшественник Антоний (Знаменский) тяжело заболел и летом подал прошение об увольнении на покой. Примечательно, что Дроздов на здешней кафедре должен был именоваться Филаретом вторым, поскольку первым Филаретом архиепископом Ростовским и Ярославским был не кто иной, как отец первого царя из рода Романовых, Михаила.
— Христиане! Тщитесь быти воистину Христовы, прилепляйтесь ко Христу всем сердцем чрез последование учению и житию, открытому в Евангелии, и чрез усердное приобщение Божественных таинств, которые он оставил Церкви своей, — взывал Филарет в приветственном послании к ярославской пастве.
Состояние дел в епархии было плачевным. Об этом красноречиво свидетельствуют слова Филарета из его письма к настоятелю Толгского монастыря Гавриилу (Розанову) от 22 апреля 1821 года: «Если Вы, брате, больны от одного монастыря и семинарии, то мне от всей Ярославской епархии давно бы умереть надобно».
Но недолго ему суждено было пробыть ярославским владыкой, еще меньше, чем тверским, чуть более девяти месяцев.
А впереди его ждала Москва.
АРХИЕПИСКОП ФИЛАРЕТ МОСКОВСКИЙ
1821–1823
— Благодать вам и мир от Бога Отца нашего и Господа Иисуса Христа! — так словами апостола Павла из послания к римлянам приветствовал архиепископ Филарет свою московскую паству.
Москва! Как ни избито повторять пушкинские строки, а лучше Александра Сергеевича не скажешь: «Сколь много в этом звуке для сердца русского сплелось!»
В начале XIV века святитель Петр, митрополит Киевский и всея Руси, обосновался здесь и первым среди русских архипастырей получил наименование «Московский». Святитель Алексей, воспитатель Дмитрия Донского и друг преподобного Сергия Радонежского, вдохновитель борьбы за независимость от Орды, закончил дело переноса митрополии в богохранимый град Москву и стал последним главой Русской православной церкви, носившим титул митрополита Киевского, а потомки также прозвали его Московским. Хотя официально только через столетие епархия совершенно отделилась от Киевской митрополии, стала именоваться Московской и всея Руси и была поставлена первою в числе епархий Константинопольского престола. Ее митрополиты до учреждения патриаршества избирались и поставлялись независимо от патриарха Константинопольского.
При святителе Ионе Русь отвергла Флорентийскую унию, а Московская церковь стала автокефальной. Под своей епитрахилью Иона спасал юного князя Ивана Васильевича, будущего Ивана III Державного, создавшего мощное государство, в семь раз больше того, которое ему досталось от отца. А святитель Симон во времена правления этого государя многажды созывал церковные соборы, один из которых покончил с так называемой ересью жидовствующих.
Святитель Макарий создал свод «всех чтимых книг на Руси» — Великие Четьи минеи, которые так и вошли в историю под названием Макариевских. При нем началось на Руси книгопечатание, он открыл на Москве типографию Ивана Федорова для печатания священных и богослужебных книг. Входя в Избранную раду, Макарий имел огромное влияние на молодого Ивана Грозного, в 1547 году он венчал его на царство, способствовал его браку с Анастасией Захарьиной, вдохновлял на завоевание Поволжья и взятие Казани. На Макарьевских соборах канонизированы многие русские святые, включая благоверного князя Александра Невского.
После смерти Макария продолжатель всех его дел митрополит Филипп (Колычев) старался смягчить ожесточившийся нрав государя Грозного: «Повинуюся твоей воле; но умири же совесть мою: да не будет опричнины! да будет только единая Россия! ибо всякое разделенное Царство, по глаголу Всевышнего, запустеет. Не могу благословлять тебя искренно, видя скорбь отечества». И царь смягчался, но, видя измену, вновь начал казни. Филипп не хотел благословить новое ожесточение, подвергся суду, низложению, ссылке и скончался в Успенском Тверском монастыре. В «Житиях святых» Димитрия Ростовского указано на то, что его убил Малюта Скуратов, но нет точных доказательств ни у сторонников версии убийства, ни у тех, кто стремится оградить Ивана Грозного отложных обвинений.
Во времена патриаршества Москва стала стольным градом патриарха, а Московская епархия обращена в патриаршую область, которая после кончины патриарха Адриана по 1742 год управлялась иноепархиальными архиереями. В 1742 году Московская епархия (митрополия) восстановлена. В 1799 году к ней присоединена упраздненная Коломенская епархия в качестве викариатства. Большой Успенский собор был по-прежнему оставлен первопрестольным, верховным собором Московским и Всероссийским.