Среди проблем, которые привлекли его внимание, была проблема соотношения философии и теологии. Он считал, что по своему предмету философия и теология фактически не различаются, обе они имеют предметом Бога и то, что он создает; только теология идет от Бога к природе, а философия от природы к Богу. Они отличаются друг от друга прежде всего методом, средством его постижения: философия (а сюда относились тогда и научные знания о природе) опирается на опыт и разум, а теология - на веру. Но между ними нет отношений полной взаимной дополнительности; некоторые положения теологии, принимаемые на веру, могут быть обоснованы разумом, философией, но многие истины не поддаются рациональному обоснованию. Например, догмат о существовании сверхприродного Бога в качестве единого существа и одновременно в трех лицах. Фома Аквинский полагает, что не разум должен направлять веру, но, наоборот, вера должна определять пути движения разума, а философия должна служить теологии. Вера не иррациональна, не противоразумна. Она трансрациональна, сверхразумна. Разуму просто недоступно то, на что способна вера. Между разумом и верой, между философией и теологией могут быть противоречия, но во всех таких случаях следует отдавать предпочтение теологии и вере. "Эта наука (теология) может взять нечто от философских дисциплин, но не потому, что испытывает в этом необходимость, а лишь ради большей доходчивости преподаваемых ею положенийВедь основоположения свои она заимствует не от других наук, но непосредственно от Бога через откровение. Притом же она не следует другим наукам, как высшим по отношению к ней, но прибегает к ним, как к подчиненным ей служанкам, подобно тому как теория архитектуры прибегает к служебным дисциплинам или теория государства прибегает к науке военного дела. И само то обстоятельство, что она все-таки прибегает к ним, проистекает не от ее недостаточности или неполноты, но лишь от недостаточности нашей способности понимания" ("Сумма теологии". "Антология мировой философии". В 4-х томах. Т. 1. Ч. 2. М., 1969. С. 827).
Другая проблема, которая находилась в фокусе внимания Фомы Аквинского, - это проблема существования Творца мира и человека. Кстати, с точки зрения Фомы Аквинского бытие Бога постигается и верой и разумом. Недостаточно ссылаться только на то, что каждый верующий принимает Бога интуитивно. Философия и теология разрабатывают совместно свои доказательства существования Бога.
Аквинат выдвигает пять доводов (или "способов", "путей") в подтверждение положения о существовании Бога. Первый довод можно назвать "кинетическим". Все, что движется, имеет причиной своего движения нечто иное. Так как ничто не может быть одновременно само по себе и движущим и движимым без постороннего вмешательства, то приходится признать, что существует Перводвигатель, т. е. Бог. Второй довод - "каузально-финитный". Все, что мы видим, с чем соприкасаемся, есть следствие чего-то, что породило это нечто, т.е. все имеет свою причину. Но и эти причины имеют свою причину. Должна быть главная причина - Первопричина, а это и есть Бог. Третий довод исходит из понятий возможности и необходимости. Для конкретных вещей возможно и необходимо небытие. Но если для всего возможно небытие, тогда небытие уже было бы. На самом деле есть именно бытие, и оно необходимо- Высшая необходимость - Бог. Четвертый довод основывается на наблюдении различных степеней, имеющихся в вещах - более (или менее) совершенных, более (или менее) благородных и т.п. Должна быть высшая степень, или сущность, выступающая для всех сущностей причиной всяческого совершенства, блага и т.п. Этим мерилом всех степеней, или эталоном, и является Бог. Пятый довод (его можно назвать "телеологическим") связан с целью, целесообразностью. Множество тел природы наделены целью. "Они достигают цели не случайно, но будучи руководимы сознательной волей. Поскольку же сами они лишены разумения, они могут подчиняться целесообразности лишь постольку поскольку их направляет некто одаренный разумом и пониманием, как стрелок направляет стрелу. Следовательно, заключает Фома Аквинский, - есть разумное существо, полагающее цель для всего, что происходит в природе; и его мы именуем Богом" (там же. С. 831).
В онтологии Фома Аквинский принимает аристотелевскую концепцию формы и материи, приспосабливая ее, как, впрочем, и многие другие трактовки проблем Аристотелем, к задачам обоснования догматов христианской религии. Для него все предметы природы есть единство формы и материи; материя пассивна, форма активна. Есть бестелесные формы - ангелы. Самой высшей и самой совершенной формой выступает Бог; он есть существо чисто духовное.