В средние века статус философии, а также науки существенно понижается, они полностью подчиняются теологии. Философия становится служанкой богословия, научное же исследование действительности, природных, естественных процессов не востребовано средневековьем, вся культура которого пронизана религиозным духом и устремлена к высшим родам бытия. Исследование природы практически исчезает, уступив место ненаучным способам рассуждения, попыткам магического влияния на природные явления, когда широкое распространение получают астрология и алхимия. В целом теоретический характер античного знания заменяется умозрительной, оторванной от жизни и практики схоластической спекуляцией. Складывается характерная для средневекового мировоззрения устремленность к небу, от несовершенной, грешной земли - к богу. Философия все в большей степени становится оторванной от жизни, действительности, от ее анализа, изучения, обосновывает главенство теологии и односторонность, недостаточность научного познания. Это и приводит к господству схоластики с характерным для нее применением усложненных и канонизированных форм рассуждения, дискурсивно-логических способов доказательства, ведущей особенностью которых является обоснование, доказательство заранее неопровержимых истин теологии через диспут, через столкновение аргументов и контраргументов. Сами же аргументы должны неукоснительно основываться на авторитете священного писания. Если античное теоретическос мышление было самостоятельным, основывалось на свободе выдвижения и свободе критики любых положений и аргументов, то средневековый разум, подчиняясь полностью церковной догматике, был в этом смысле ограниченным.
Статус философии и науки, а также их отношения существенно меняются в Новое время - в связи с формированием науки в классическом смысле этого слова, с возникновением такого неизвестного античности и средневековью метода научного познания, как эксперимент. Для классической науки характерно обязательное сочетание опытных, экспериментальных и теоретических способов исследования. В научной практике того времени утверждается следующее важнейшее требование к истинному исследованию: обязательность проверки теоретических положений с помощью эксперимента и применения математических средств, а также средств измерения, которые обеспечивают точность и строгость научного доказательства и исследования. Эффективность модернизированного научного познания была подтверждена выдающимися результатами, полученными Галилеем, Ньютоном, Герике, Гюйгенсом, Бойлем и др. Наука впервые образовала собственную систему познания, утверждая тем самым свою самостоятельность по отношению к теологии и философии, и это произошло благодаря не только развитию точного измерения, эксперимента, но и созданию подтвержденных фактами собственных теорий, прежде всего ньютоновской теоретической механики.
С этого момента начинается интенсивный процесс дифференциации наук, процесс освобождения специальных наук из-под "теоретической власти" философии. Этот процесс протекал в форме борьбы не только против пережитков теологизированной средневековой схоластики, но и против чисто умозрительного, спекулятивного способа философского познания. Такого рода конфронтация между философией и наукой, утверждение теоретической самостоятельности последней продолжалось в XVIII, XIX столетиях. Еще в XIX веке спекулятивные натурфилософские системы, например, Гегеля и Шеллинга занимали довольно прочные позиции; да и в XX веке продолжались попытки, например, А. Уайтхеда и неотомистов создавать умозрительные философские концепции.
И в последующем взаимодействие философии и науки остается напряженным, динамичным, но плодотворным. В настоящее время инициатива, первенство во все большей степени переходит к науке.