Этому не противоречит существование так называемых эмпирических, описательных наук, или так называемой эмпирической описательной стадии в развитии той или иной науки. Дело в том, что не существует абсолютно чистого, свободного от теоретических предпосылок эксперимента или наблюдения в современной науке, аналогично исторически не было абсолютно чистой по отношению к теории науки или чисто эмпирической, описательной стадии в развитии тех или иных наук. Поскольку любая даже сугубо эмпирическая стадия в науке или исследовательская программа нуждается в своем теоретическом обосновании (любая эмпирия «нагружена» явно или неявно теоретическими положениями), постольку в отсутствие собственных теорий эмпирические описательные науки в качестве теоретического базиса используют философское знание. Именно философия выступает в истории познания «заместителем» специально-научных теорий, обеспечивая «сохранность», целостность специфического для науки познавательного цикла, соединение в этом цикле теоретических и эмпирических познавательных процедур.
Сущностная сторона когнитивной структуры науки раскрывается также в соотношении предметного и рефлексивного уровней научного познания. Предметный уровень направлен на изучение объективной реальности, раскрытие ее законов, свойств и отношений. В нем находит свое выражение специфическая в сравнении с другими видами познавательной деятельности реализация субъект-объектного отношения. В то же время познание объектов реальности в научной, как и в любой другой деятельности, предполагает не только взаимодействие субъекта с объектом, но и постановку целей, выработку соответствующих средств и форм исследования, установление определенной корреляции между поставленными целями и необходимыми для их реализации средствами, и соответственно корректировки, управления самим процессом познания. Иными словами, научная деятельность осуществляется как осознанный целенаправленный процесс, требующий совершенствования и оптимизации, повышения уровня своей эффективности, а значит, своего собственного осмысления.
Научная деятельность без тех или иных форм самосознания попросту невозможна. Причем в рамках самосознания науки (в этом наука похожа на любую социокультурную систему) складывается научная рефлексия как критика науки, совершенствующая научное исследование, и одновременно рефлексия в форме консерватизма научного сознания, его парадигмальности, и даже как совокупность научных мифов. Однако научная рефлексия в узком методологическом смысле слова представляет собой в отличие от научных мифов и научного консерватизма высокоспециализированную форму научной деятельности, научного самосознания, которая образует необходимое условие развития науки. Именно в научной рефлексии достигается осмысление предпосылок исследования, выявление неявного знания и превращения его в явное. Это предполагает анализ знания и деятельности, его уточнение, отказ от ошибочных предпосылок, положений, так что рефлексивные акты осуществляются в единстве явного и неявного, рефлектируемого и не-рефлектируемого, что приводит к порождению нового знания, к выходу за пределы наличной системы научного познания.
Рефлексия связана с пониманием, которое трактуется как особая форма, специфическая познавательная процедура в науке, наряду с описанием, объяснением и пр. Хотя рефлексия предполагает в качестве своего итога понимание, осмысление объекта рефлексивного отношения, в нашем случае - научного познания, рефлексия не тождественна пониманию. И в то же время рефлексия невозможна без понимания. Рефлексия как самосознание, самопознание позволяет сохранить целостность научной деятельности, предохраняет ее от распада на отдельные изолированные системы, особенно в переломные эпохи, связанные с революциями в мышлении, переходами от парадигмы к парадигме, от одной картины мира, концептуальной системы к другой.
Связь рефлексии и понимания видится в том, что сама рефлексия и историческом плане, в историческом развитии проходит ряд ст адий, например, описательный этап, объяснительный, классификационный и этап понимания. Да и само возникновение науки как особого вида ио-знания становится возможным на той стадии, когда сформировалась специализированная деятельность по критическому осмыслению результатов, процесса, средств исследования и управления, т.е. когда сложилась достаточно развитая рефлексивная система. Поскольку понимание, в свою очередь, предполагает диалог субъектов научной деятельности, постольку рефлексия включает также понимание, осмысление процессов коммуникации как внутринаучной, так и коммуникации между наукой и культурой.