При этом ст. 20 вышеуказанного Федерального закона устанавливает правило, что объем финансового обеспечения выполнения задания, установленного учредителем государственному или муниципальному учреждению (бюджетному или автономному), не может зависеть от типа такого учреждения. Многие толкуют данное положение как запрет снижения объемов финансирования в связи с изменением типа учреждения. Таким образом, автономное учреждение, так же как и бюджетное, сохраняет для себя гарантию бюджетного финансирования. Учредитель не может не дать автономному учреждению задание на оказание государственных или муниципальных услуг и субсидию на выполнение этого задания; иными словами, он не может оставить учреждение без финансирования. Финансироваться будет не столько деятельность учреждения, сколько выполнение им государственного и муниципального задания (однако с учетом расходов на содержание необходимого для этого имущества), произойдет переход от финансирования учреждения по смете к финансированию оказания услуг в соответствии с планом финансово-хозяйственной деятельности, что даст возможность учесть качество предоставляемых учреждением услуг при финансировании, обеспечит более эффективные бюджетные затраты за счет конкуренции между отдельными учреждениями. БК РФ также устанавливает одинаковые требования к финансированию учреждений, предоставляющих государственные или муниципальные услуги, будь то бюджетные или автономные учреждения. Следовательно, снижение размеров финансирования заданий автономным учреждениям по сравнению с бюджетными учреждениями будет незаконно.
Финансовое обеспечение деятельности автономных учреждений осуществляется в виде субсидий из соответствующего бюджета бюджетной системы Российской Федерации и иных не запрещенных федеральными законами источников. Кроме указанных заданий учредителя и обязательств, автономное учреждение по своему усмотрению вправе выполнять работы, оказывать услуги, относящиеся к его основной деятельности, для граждан и юридических лиц за плату и на одинаковых при оказании однородных услуг условиях в порядке, установленном федеральными законами. Однако автономное учреждение вправе осуществлять иные виды деятельности лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых оно создано, при условии, что такие виды деятельности указаны в его уставе.
В отличие от бюджетного учреждения, автономное учреждение может открывать счета в кредитных организациях, кроме того, собственник имущества автономного учреждения не несет ответственности по обязательствам автономного учреждения. Права в отношении полученных доходов и приобретенного за счет таких доходов имущества у двух типов учреждений тоже отличаются: бюджетные учреждения полученные ими доходы после уплаты налогов и сборов учитывают в смете и отражают в доходах соответствующего бюджета, а автономные учреждения распоряжаются полученными средствами по своему усмотрению.
Статья 69.1 БК РФ устанавливает виды бюджетных ассигнований на оказание государственных (муниципальных) услуг (выполнение работ), в число которых входят ассигнования на предоставление субсидий автономным учреждениям, включая субсидии на возмещение нормативных затрат по оказанию ими государственных (муниципальных) услуг физическим и (или) юридическим лицам. В соответствии со ст. 78.1 БК РФ порядок определения объема и предоставления указанных субсидий устанавливается высшим органом исполнительной власти соответствующего уровня. Приказом Министерства экономического развития РФ от 3 декабря 2008 г. № 423 утверждены типовая форма соглашения между учредителем и федеральным автономным учреждением о порядке и условиях предоставления субсидии на возмещение нормативных затрат на оказание услуг (выполнение работ) физическим и (или) юридическим лицам. Такое соглашение определяет в том числе норматив финансовых затрат на оказание услуг и порядок финансирования автономного учреждения; требования к качеству предоставляемых услуг (выполняемых работ) и отчетности, а также сроки предоставления и сумму субсидии. Обязанностью учредителя является предоставление в течение финансового года и планового периода субсидии автономному учреждению:
• собственно на возмещение нормативных затрат на оказание услуг (выполнение работ) физическим и (или) юридическим лицам;
• на возмещение нормативных затрат на содержание недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества, закрепленного за учреждением или приобретенного им за счет средств, выделенных учредителем на приобретение такого имущества (за исключением имущества, сданного в аренду с согласия учредителя), а также на уплату налогов, в качестве объекта налогообложения по которым признается соответствующее имущество, в том числе земельные участки;
• на выравнивание финансового обеспечения выполнения задания, сформированного учредителем в отношении учреждения, созданного путем изменения типа существующего учреждения (предоставляется в течение трех лет с даты создания за счет средств бюджета).