Перевозки по озеру проходили в неимоверно трудных условиях. Ладога, тихая и безобидная в ясную погоду, осенью становится неузнаваемой: ветры силой до 10 баллов поднимают огромные волны, опасные даже для судов озерного типа. Для перевозок по озеру в спешном порядке были собраны все суда, какие только можно было собрать, — 49 озерных и речных барж, из которых более 20 по техническим неисправностям и другим причинам раньше не использовались. Немало судов погибло от штормов и бомбежек. Ночью 17 сентября, например, штормом выбросило на прибрежные камни пароход «Ульяновск», захлестнуло волнами пароходы «Козельск», «Войма», «Мичурин» и другие суда с продовольствием для Ленинграда, затонула баржа с эвакуированными из Ленинграда женщинами и детьми. Тральщик № 122, подобравший около 200 человек с потерпевших аварию в десятибалльный шторм судов, был атакован девятью бомбардировщиками. В корабль попало две авиабомбы, но тральщик продолжал вести огонь из единственного 45-мм орудия до тех пор, пока не затонул.
15—23 сентября по решению командующего фронтом корабли флотилии эвакуировали войска с островов Коневец, Валаам, Баевых и Крестовых. Эвакуированные части были переданы в резерв фронта.
5 октября в ходе артиллерийской поддержки частей 23-й армии в районе Никулясы была повреждена авиабомбой канонерская лодка «Олекма». На следующий день она затонула. Поднять ее удалось лишь 6 июня 1944 г.
В середине октября противник, прорвав оборону на фронте 4-й армии, форсировал реку Волхов и начал продвигаться на север к Тихвину и Волхову, чтобы соединиться с финскими войсками и тем самым полностью блокировать Ленинград. В связи с этим командование Ленинградского фронта поставило перед Ладожской военной флотилией задачу использовать весь боевой и вспомогательный состав флотилии для переброски частей Красной армии из Осиновца в Новую Ладогу.
Вечером 24 октября началась посадка частей 191-й стрелковой дивизии на корабли. 25 октября из Осиновца вышел первый эшелон в составе канлодок «Бурея», «Нора» и транспорта «Совет».
С 24 октября по 18 ноября корабли флотилии осуществляли перевозку в полном составе 191-й стрелковой и 44-й горнострелковой дивизий и 6-й отдельной бригады морской пехоты (более 20 тысяч человек), а также 129 орудий, 974 лошадей и другого имущества. Операция проходила под бомбежкой авиации противника. 4 ноября на базе Осиновец одиночным бомбардировщиком «Блейнхейм» был атакован сторожевой корабль «Конструктор». Самолет сбросил две 250-кг бомбы, одна из которых попала в носовую часть корабля. Носовая часть была разрушена, и корабль затонул. Погибло около 200 человек, среди которых 32 члена экипажа. Остальные, согласно советским популярным изданиям, были женщины и дети из блокадного Ленинграда, но скорей всего это были солдаты, перебрасываемые в Новую Ладогу.
В середине ноября 1941 г. из-за быстрого ледообразования, а также в связи с тем, что противник перерезал железную дорогу Тихвин — Волхов и занял Тихвин, было принято решение о переходе кораблей на зимнюю стоянку на западное побережье Ладожского озера между Морье и базой Осиновец. 17 ноября из Новой Ладоги вышел первый эшелон кораблей (сторожевой корабль «Пурга», канонерские лодки «Селемджа», «Бира», катера МО-216 и МО-175, бронекатера № 99 и 100), который прибыл в Морье 21 ноября. При этом 20 ноября были затерты льдами и затонули буксиры «Ижорец-9», «Ижорец-10» и «Ижорец-4», буксировавшие пароход «Козельск», сторожевые катера МО-175 и МО-216. В декабре 1941 г. катер МО-175 был поднят.
За осеннюю навигацию 1941 г. на восточный берег Ладожского озера было перевезено более 20 тысяч солдат и офицеров и из Ленинграда эвакуировано более 33,5 тысяч человек. На западный берег Ладожского озера было доставлено около 60 тысяч тонн различных грузов, в том числе 45 тонн продовольствия. Кроме того, в Ленинград было доставлено около 4500 винтовок, 1000 пулеметов, около 10 тысяч снарядов, более 108 тысяч мин и другое вооружение.
В 1942 г. перевозки по Ладожскому озеру начались в середине мая. 28 мая база Ладожской флотилии подверглась массированной бомбардировке противника. В 10 ч. утра канлодки «Бира», «Нора», «Селемджа» и «Бурея», стоявшие на рейде Кобоны, были атакованы неприятельскими бомбардировщиками. У «Биры» была разрушена носовая часть вместе с ходовой рубкой, убито 14, ранено 37 членов экипажа. От близких разрывов бомб «Нора» получила около 1700 пробоин в корпусе, ранен 21 член экипажа. На следующий день «Биру» удалось увести на буксире.