А в июне 1943 г. Ладожской флотилии были переданы малые подводные Лодки серии VI-бис М-77 и М-79. Обе лодки перевезли по железной дороге из Ленинграда в бухту Гольсмана, где и спустили на воду.
Навигация 1943 г. была открыта 29 марта, когда транспорты «Шексна» и «Чапаев» пробились сквозь льды из бухты Морье в порт Кобона.
С 24 по 28 июля суда Ладожской флотилии перебросили с восточного берега озера на западный 86-ю стрелковую дивизию и 73-ю отдельную морскую стрелковую бригаду. Всего перевезено 7477 человек, 49 автомашин, 12 автоцистерн, 85 орудий, 18 минометов, 44 передка орудий, 10 тракторов, 309 повозок, 17 кухонь, 577 лошадей, 710 тонн различных грузов.
С 5 по 8 августа свой первый боевой поход на Ладожском озере совершила подводная лодка М-77.
8 сентября канонерские лодки «Нора» и «Селемджа» обстреляли финские позиции к юго-востоку от Терентиниеми. За 52 минуты было выпущено восемьдесят 130-мм фугасных снарядов. Финны даже не успели открыть ответный огонь.
В течение всей навигации 1943 г. корабли противника не пытались атаковать наши суда. В связи с пассивностью финнов сторожевые катера МО-171, МО-208, МО-209, МО-214, МО-261, МО-262 и двадцать самоходных тендеров были отправлены с Ладоги по железной дороге на Черноморский флот.
18 ноября 1943 г. в район, примыкающий к устью рек Тулокса и Видлице, вышла подводная лодка М-79. На следующий день с М-79 была высажена на берег у Видлицы разведгруппа. Подводная лодка в течение трех суток ожидала разведчиков, но они не вернулись. 24 ноября лодка возвратилась в Новую Ладогу.
26 ноября М-79 снова вышла в район Видлица — устье реки Тулокса на поиск разведгруппы, высаженной 19 ноября. Не обнаружив разведчиков, она 1 декабря возвратилась на базу. 24, 25, 29 и 30 ноября на поиск разведчиков выходила канлодка «Конструктор», но также безрезультатно. Это был последний в 1943 г. поход подводных лодок.
Навигация на Ладожском озере закончилась 4 декабря 1943 г. Последний переход совершил транспорт «Шексна».
За навигацию, которая продолжалась 247:Дней, через Ладожское озеро было перевезено 162 067 человек, в том числе для пополнения частей Красной армии и Балтийского флота — 45 579 человек. Перевезено 182 655 тонн различных грузов и 712,5 тысяч кубометров дров и древесины.
Потери Ладожской флотилии в 1943 г. были крайне незначительны: транспорты «Стензо» и «Вилсанди», 20–30 барж и несколько катеров.
В кампанию 1944 г. финская флотилия на Ладоге активность не проявляла. Ее суда не появлялись южнее параллели острова Валаам.
После прорыва финской обороны на правом берегу реки Свирь было принято решение высадить с судов Ладожской флотилии десант на побережье между устьем реки Тулокса и озером Линдоя. В десант была выделена 70-я отдельная морская стрелковая бригада (3661 человек) под командованием подполковника А.В. Блака. В операции должны были участвовать почти все наличные силы Ладожской флотилии. Их разделили на четыре отряда: отряд артиллерийской поддержки десанта (5 канонерских лодок, 2 торпедных катера, 2 сторожевых катера МО); отряд охранения (6 сторожевых катеров МО, 2 бронекатера, 1 десантное судно); отряд транспортов (4 транспорта, 2 тральщика, 2 шхуны); отряд высадочных средств (12 сторожевых катеров КМ, 7 сторожевых катеров ЗИС, 12 тендеров, 9 мотоботов).
Для прикрытия десанта на переходе и поддержке его при высадке было выделено 243 самолета 7-й воздушной армии и авиации Балтийского флота.
Для достижения скрытности в подготовке операции корабли и транспортные средства были рассредоточены и замаскированы по реке Волхов и приладожским каналам.
22 июня в 15 ч. 25 мин. корабли и суда, сосредоточенные в Новой Ладоге, снялись с якоря и направились к месту высадки.
В 5 часов утра четыре канонерские лодки с дистанции 50–60 кабельтовых открыли огонь по берегу. За 15 минут до высадки два полка бомбардировщиков и один полк штурмовиков нанесли последний бомбово-штурмовой удар по противодесантной обороне противника. В 5 ч. 47 мин., после того как наши самолеты отбомбились и улетели, в районе высадки появились 17 бомбардировщиков противника. Корабли временно прекратили стрельбу по берегу, чтобы всей силой своего огня отразить воздушную атаку противника. Бомбами противника была повреждена одна десантная баржа, один из бомбардировщиков был сбит.
В 5 ч. 55 мин. к берегу стали подходить катера и тендеры с первым броском десанта. Бронекатера и «морские охотники» подошли к берегу на дистанцию 5—10 кабельтовых и открыли огонь прямой наводкой по огневым точкам финнов.