С 11 по 24 октября канонерки КЛ-11, КЛ-13 и КЛ-15, находясь в Онежском обводном канале и у южного берега озера, обстреливали огневые точки противника, поддерживая атаки сухопутных частей, препятствовали переправе противника через Свирь, продвижению подкреплений, подвозу боеприпасов и снабжения. Было израсходовано 1375 снарядов. Советские войска удержали оштинский рубеж.
В ходе отступления советских войск на Свири, в Петрозаводске и Повенце было брошено свыше 20 исправных пароходов и буксиров. В начале октября 1941 г. финны начали переоборудовать их в канонерские лодки и сторожевые корабли. Главной базой финской флотилии стал Петрозаводск.
В середине октября в Вытегру прибыл отряд бронекатеров в составе БКА-35, БКА-63, БКА-64 и БКА-65, перечисленных 30 сентября 1941 г. из Ладожской военной флотилии. Но вскоре бронекатера по Вытегре и Мариинской системе были отправлены на зимовку в Молотов (Пермь). Канлодки тоже должны были идти в Молотов, но ледостав задержал их в городе Горьком. 28 ноября 1941 г. приказом наркома ВМФ Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переданы Волжской военной флотилии.
30 апреля 1942 г. по приказу наркома ВМФ из состава Волжской военной флотилии был сформирован Онежский отряд кораблей. Он состоял из штабного корабля «Московский комсомолец» (бывший сетевой заградитель «Исеть»), канонерских лодок КЛ-11, КЛ-13, КЛ-14, КЛ-15, КЛ-40 и КЛ-41, бронекатеров проекта 1124 (БКА-11, БКА-12, БКА-31 и БКА-32), бронекатеров проекта 1125 (БКА- 35, БКА-63, БКА-64 и БКА-65), 7 сторожевых катеров и катеров тральщиков, 4 глиссеров, охраны водного района, 31-го отдельного батальона морской пехоты, службы наблюдения и связи, отдела тыла, складов и производственных предприятии. База отряда была в городе Вытегра. 25 мая Онежский отряд кораблей непосредственно был подчинен наркому ВМФ, а оперативно — командующему 7-й Отдельной армией.
7 июня корабли, за исключением бронекатеров, прибыли в город Вытегра, и отряд приступил к выполнению боевых задач Дивизион бронекатеров, состоявший из двух отрядов по четыре катера, прибыл на Вытегру 16 июня и 21 июня начал боевую деятельность.
На Онежском озерном театре к этому времени сложилась следующая оперативная обстановка. В руках противника находился западный берег озера от Вознесенья до Повенеца с бухтами и пристанями, удобными для стоянки кораблей. Северная и южная части этого берега были укреплены системой береговой обороны, состоящей из отдельных гарнизонов и батарей. В северной части озера на полуострове Заонежье и части островов финны установили дальнобойные батареи и держали под огнем весь берег от мыса Оров-Наволок до Оров-Губы.
Восточный берег озера охраняли части 7-й Отдельной и 32-й армий (разграничительная линия по реке Водла). На севере от реки Водла до губы Черной стоял в обороне 80-й стрелковый полк войск НКВД, входивший в состав 32-й армии. Южнее реки Водла до реки Вытегра стоял 185-й отдельный стрелковый батальон войск НКВД. Побережье от реки Вытегра до устья реки Ошта занимали части 369-й стрелковой дивизии. В деревне Девятина базировалась 1-й гвардейская авиаэскадрилья самолетов Пе-2.
Местами базирования для Онежского отряда кораблей служили река Вытегра, Обводной канал, реки Андома и Водла.
В соответствии с задачами, поставленными командованием 7-й Отдельной и 32-й армий, выявились два самостоятельных направления боевой деятельности отряда: южное и северное. В дальнейшем отряд кораблей обеспечивал оборону города Вытегра и конвоирование судов на участках Вытегра — Шала; Вытегра — Андома.
Северная (шальская) группа кораблей в составе трех бронекатеров, двух канлодок и сторожевого катера обеспечивала левый фланг 32-й армии (80-й стрелковый полк), охраняя восточное побережье Повенецкого и Заонежского заливов. В задачи группы входили разведка, дозор, охрана коммуникаций, высадка разведгрупп.
В ходе дальнейшей боевой деятельности наибольшее значение приобрела высадка разведгрупп. Для этой цели использовались катера КМ и бронекатера. За два месяца в тыл противника было высажено 126 человек. Одновременно снимались с берега ранее высаженные группы.
С июня по октябрь северной группой было совершено более 70 боевых выходов, в том числе 27 в дозор, проведено 5 артиллерийских обстрелов, высажено 15 разведгрупп.
Южная группа кораблей поддерживала фланг 368-й стрелковой дивизии совместно с 31 — м отдельным батальоном морской пехоты, оборонявшим побережье от мыса Черные Пески до устья реки Вытегра (затем до Тудозера), вела разведывательные, поисковые и артиллерийские набеговые действия, несла дозорную службу.
Важное значение приобрели набеговые действия, в которых участвовали канонерские лодки и бронекатера самостоятельно и во взаимодействии с авиацией. Корабли и катера 30 раз вели огонь по береговым объектам противника.