Комиссия пригласила в «советники» специалис-тов-торговцев, которые участвовали в мошенничестве. Вся эта свора постаралась прекратить разбор дела, потому что в нем оказались замешаны лица из Петербурга — подобно обер-интенданту Н. Метлину и другие. С горькой обидой доносил Бутаков рапортом генерал-адмиралу:
С той поры великий князь стал явно недолюбливать Бутакова, а тот в 1859 году представил ему «Секретную записку о положении в Черноморском управлении», в которой дал обстоятельный анализ положения дел в Морском министерстве в целом. По мнению Бутакова, министерство пришло в упадок из-за морального разложения его чиновников. Приведенные в записке факты подтверждали мысль ее автора. Бутаков понимал, что он один не в силах вести борьбу с этим злом, а обещанной реальной поддержки не имел.
И вновь Бутаков просит освободить его от должности и уволить в отставку.
В ожидании ответа Бутаков продолжает работать над рукописью о тактике парового флота. В это время ему прислали на отзыв новый устав, и он в своих замечаниях упоминает о порядках на флоте: