Наличие сразу двух высших штабных органов (ОКВ и ОКХ) часто приводило к параллелизму и дублированию функций в руководстве Вермахтом. Между этими конторами постоянно возникали трения, нередко доходившие до острых конфликтов. Германский военный историк Филиппи отметил, что следствием подобного «дуализма» была
Впрочем, пока война развивалась успешно для Третьего рейха, разногласия между ОКХ и ОКВ удавалось более или менее сглаживать. Первые серьезные конфликты начали возникать в ноябре 1941 г., когда германские войска столкнулись с первыми серьезными трудностями в районе Ростова-на-Дону. Гальдер писал в те дни в дневнике:
Генерал Цайтцлер после своего назначения на пост начальника Генштаба потребовал, чтобы штаб главного командования Вермахта не принимал участия в разработке директив фюрера, касающихся Восточного фронта. Отныне эти документы должны были облекаться в форму оперативных приказов ОКХ. Путем ползучих интриг Цайтцлеру постепенно удалось покончить с дублированием командных функций на Востоке. Он добился права обсуждать планы и намерения командования сухопутных войск в России с Гитлером, лишив Йодля возможности вмешиваться в этот вопрос. Кроме того, был изменен порядок проведения ежедневных совещаний у фюрера, посвященных анализу обстановки. Теперь сначала докладывал начальник Генштаба об обстановке на Восточном фронте, и только после него наступала очередь Йодля, который сообщал об обстановке на других фронтах.
Офицерам ОКВ отныне был закрыт доступ к информации относительно операций на Восточном фронте, они занимались только своими театрами, которых и так хватало: Западная Европа, Африка (потом Италия), Норвегия и Балканы. Командная система Вермахта была окончательно дезинтегрирована.
Чем хуже становилось положение на фронтах, тем больше усугублялись противоречия между ОКХ и ОКВ. В основном они касались распределения скудных резервов Вермахта, а также переброски частей с Восточного фронта на другие и наоборот. В конечном счете решения принимались через Гитлера, который таким образом держал ситуацию под своим контролем.
По словам генерала Типпельскирха, к весне 1945 г.
Уже после войны Франц Гальдер писал:
Художник во главе армии