Хотя описанные события значительно улучшили наши позиции на Среднем Востоке, которые в апреле — мае 1941 выглядели сомнительными, командующим британскими силами в этом регионе еще приходилось решать много сложных и болезненных проблем. Первой в этом списке стояла необходимость без новых промедлений доставить на Мальту новые подкрепления. 15 июня авианосцы «Викториес» и «Арк Ройял» отправили на остров еще 47 «Харрикейнов», которые были доставлены в Гибралтар из Англии старым добрым «Фьюриесом». Авианосцы, как обычно, прикрывало Соединение Н адмирала Сомервилла. Все истребители, кроме 4, долетели до острова. Через 10 дней в Гибралтар из Англии прибыли еще 64 самолета. В конце июня они тоже были отправлены на Мальту. Хотя из 142 истребителей, которые прибыли на Мальту, часть позднее была послана в Египет, оборона острова значительно укрепилась. Тем временем, наши подводные лодки, особенно большие подводные заградители, доставляли на остров авиабензин, боеприпасы и другие особо ценные грузы. Кризис, который начался весной, стал гораздо менее острым, однако нельзя было считать, что Мальта находится вне опасности.
На втором месте после Мальты стояла забота об осажденном гарнизоне Тобрука, который оказался в изоляции после апрельского отступления Армии Нила. Он целиком зависел от снабжения по морю. Хотя для этого использовались самые различные корабли, основную часть рискованной работы выполнили эсминцы. В среднем каждую ночь двое из них играли в рулетку с германскими бомбардировщиками. Осада Тобрука длилась 242 дня — с 12 апреля по 8 декабря 1942. За это время флот доставил туда 72 танка, 92 орудия, 34000 грузов и 34113 солдат. С этой помощью гарнизон сумел выдержать осаду и сыграть важнейшую роль в новом наступлении на суше — операции «Крусейдер», которая началась 18 ноября. Но флот за это заплатил очень дорого. На исключительно опасном «Тобрукском маршруте» были потоплены не менее 25 военных кораблей и 5 торговых судов.
Поскольку огромная загруженность кораблей в восточном бассейне делала невозможной проводку конвоя на Мальту с этого направления, Адмиралтейство решило послать 6 судов снабжения и 1 войсковой транспорт под прикрытием Соединения Н с запада. Для этой операции гибралтарская эскадра была значительно усилена кораблями Флота Метрополии. Конвой покинул Клайд 11 июля и благополучно прибыл в Гибралтар. Но когда начался последний бросок на запад, войсковой транспорт сел на мель, и его пришлось оставить. Так как у него на борту находился технический персонал КВВС для мальтийских аэродромов, это было серьезным ударом. На рассвете 23 июля адмирал Сомервилл сосредоточил все свои силы для защиты конвоя, когда тот проходил южнее Сардинии, где итальянцы имели множество аэродромов. Вскоре начались ожидаемые воздушные атаки. Крейсер «Манчестер» получил попадание торпедой и был отправлен назад в Гибралтар. Один эсминец получил такие повреждения, что его пришлось затопить. Однако торговые суда оставались невредимы, в основном благодаря великолепным действиям истребителей «Арк Ройяла». Вечером, достигнув пролива Скерки воле Бизерты, Сомервилл приказал тяжелым кораблям поворачивать на запад. Контр-адмирал Э.Н. Сифрет с 3 крейсерами и 10 эсминцами принял на себя защиту конвоя на последнем участке пути. Хотя воздушные атаки продолжались, и был выведен из строя еще один эсминец, 24 июля конвой прибыл на Мальту и сразу начал выгружать свой драгоценный груз в опустевшие склады Мальты. Но инцидент с отставшим войсковым транспортом оставил программу усиления обороны выполненной не до конца. Поэтому 31 июля из Гибралтара вышли несколько военных кораблей, которые доставили на Мальту 1800 солдат и летчиков. Так были решены все задачи операции «Сабстенс», причем успех превысил самые оптимистичные ожидания. Итальянцы отреагировали на прибытие транспортов конвоя «Сабстенс» возобновлением воздушных налетов. Ночью 26 июля они попытались атаковать гавань Мальты с помощью взрывающихся катеров. Но защитники были начеку, и все атаки были отражены. Итальянская эскадра, участвовавшая в операции, была полностью уничтожена.