В базу реорганизовывали морскую оборону Ленинграда. Уже 2 октября контр-адмирал получил приказ командующего Ленинградским фронтом Г.К. Жукова о подготовке десанта под Стрельной в поддержку наступления на Стрельну 42-й армии. Десант был благополучно высажен, как и последующие – 3 у Стрельны и 1 в Петергоф. Десанты эти погибли, так как наступающие войска не смогли выполнить свою задачу и соединиться с ними. Однако командующий 42-й армией отметил, что десанты нанесли противнику потери и заставили гитлеровцев приступить к созданию противодесантной обороны[1003]
.Под командованием Пантелеева Ленинградская военно-морская база во взаимодействии с Кронштадтской базой с 15 октября 1941 года организовала перевозку из Ораниенбаума в Ленинград нескольких дивизий 8-й армии с использованием малых транспортов, самоходных и несамоходных барж, буксиров. На военно-морские базы в этой операции было возложено обеспечение противоминной и противовоздушной обороны. К 4 ноября в Ленинград доставили почти без потерь около 40 тысяч бойцов и командиров, боевую технику, продовольствие. Была обеспечена переправа через Неву на пятачок в район Невской Дубровки 16 тысяч личного состава, около сотни орудий и нескольких десятков танков. Под руководством Ю.А. Пантелеева разработали планы морской обороны Ленинграда. Всю Неву разделили на боевые секторы. Благодаря принятым мерам моряки пресекали попытки перейти в наступление через реку.
Ленинградской военно-морской базе приходилось заниматься разведкой ледовой трассы на Ладожском озере и охраной этой трассы с помощью буеров, укомплектованных опытными яхтсменами. Яхтсмены провели разведку и обнаружили гитлеровцев, устраивающих наблюдательный пункт у затонувшего буксира. Вскоре буксир был разбит артиллерией обороны Ленинграда. Разведку вели и лыжники. А когда зимой противник пробовал пустить по льду войска с танками, артиллерия рассеяла наступающих.
Моряки военно-морской базы принимали активное участие в операциях, которые проводили весной 1942 года войска Ленинградского и Волховского фронтов.
С апреля 1942 по май 1943 года Пантелеев был помощником начальника Главного морского штаба. В его аттестации записано: «Характер имеет живой и энергичный. Любит морскую службу, хороший командир-моряк»[1004]
.Параллельно с работой помощника начальника Главного морского штаба Пантелеев редактировал журнал «Морской сборник». Неожиданно его вызвали в Кремль. После разговора с А.И. Микояном и Н.Г. Кузнецовым моряк узнал, что назначен командующим Волжской военной флотилией и что на Волге от неприятельских мин гибнут суда, в том числе баржи с нефтепродуктами. 8 мая он с Н.Г. Кузнецовым и наркомом речного флота З.А. Шашковым вылетел в Сталинград[1005]
.Командовал флотилией Пантелеев с 14 мая по 16 декабря 1943 года[1006]
. Он сменил Д.Д. Рогачева, который не смог избежать потерь судов на Волге от ударов неприятельской авиации и поставленных самолетами мин. Рогачев не мог найти общий язык с речниками. Но Кузнецов добился, что все волжские пароходства оперативно подчинили командующему флотилией. Речники были обязаны передать суда с экипажами для переоборудования под боевые корабли; пилюлю для моряков речного флота нарком ВМФ подсластил тем, что Пантелееву дали право награждать не только моряков флотилии, но и отличившихся речников[1007].На командующего флотилией была возложена полнота ответственности за безопасность судоходства по Волге от Астрахани до Саратова, перевозки нефти и нефтепродуктов. В короткий срок Пантелеев устранил недостатки в противоминной и противовоздушной обороне. Под его руководством штаб флотилии разработал гибкую систему безопасности перевозок. В основе лежало закрепление определенных участков реки за мощными соединениями тральных сил.
Главную силу флотилии составили в кампанию 1943 года две бригады траления. Тральщики вели регулярную очистку от мин участков реки, проводили за тралами конвои. Для конвоирования судов, защиты их от ударов с воздуха и охраны наиболее важных участков реки существовали две бригады речных кораблей. Не только моряки, но и местное население следило за неприятельскими минными постановками. Часть кораблей Волжской военной флотилии использовали для перевозки грузов[1008]
.В первую очередь организовали сотни постов наблюдения за местами падения мин. К этой работе привлекли многочисленное местное население. Для ускорения движения караванов судов в качестве буксиров использовали канонерские лодки[1009]
.Моряки изучали тактику неприятельской авиации и, чтобы уменьшить потери, установили ложные бакены в стороне от фарватера. Германская авиация сбрасывала мины по ложным целям. В свою очередь, гитлеровцы стали сбрасывать вместо мин похожие на них предметы, которые было невозможно вытралить; об этом нововведении удалось узнать от местных жителей, которые отличали ложные «мины» по звуку падения[1010]
.