В романе «Флибустьеры» действуют некоторые герои, уже известные нам по первой книге. Но это вполне самостоятельное произведение с законченным сюжетом, с более глубоким осмыслением событий, происходящих на Филиппинах. Читатель, знакомый с биографией Рисаля, с его творчеством и эпистолярным наследием, без труда узнает в жестоком генерал-губернаторе, появляющемся на страницах «Флибустьеров», губернатора Вейлера, по чьему приказу начались репрессии даже против дальних родственников Хосе. Этот был тот «кровавый» Вейлер, который впоследствии задушил восстание на Кубе.
Под видом ювелира Симоуна возвращается из Америки Ибарра.
Он богат и, подобно графу Монте-Кристо, решил, что пришло время осуществить давно задуманный план мести. Он мечтает поднять народное восстание, которое должно смести с Филиппинского архипелага всех колонизаторов, открыть двери монастыря, где томится его невеста Мария-Клара. Но Ибарра выбирает неверный путь: чтобы спровоцировать восстание, он толкает генерал-губернатора и монахов на всякого рода бесчинства по отношению к мирным жителям. Он одинок, Симоун-Ибарра, хоть ему и кажется, что вокруг единомышленники. Он, вместе с автором, еще не дорос до понимания классовой борьбы; национально-освободительное движение рисуется ему в виде заговора кучки «посвященных». Хосе Рисаль сознает, что подобное выступление, искусственно спровоцированное, обречено на провал, и доводит историю Ибарры до логического конца: заговор не удался, Ибарра гибнет.
В ткань повествования искусно вплетены еще две истории: история трагической любви студента-медика Басилио, далекого от борьбы мечтателя, и его невесты Хулии, отец которой, разоренный монахами, бежит к тулисанам. Сила обстоятельств заставляет Басилио примкнуть к Ибарре.
Другая история, так напоминающая недавние события из жизни самого Рисаля, посвящена любви студента Исагани к девушке из богатой семьи Паулите. Ради положения в обществе Паулита отказывается от Исагани и выходит замуж за богатого метиса. Именно во время свадьбы Паулиты и должен произойти взрыв, который станет сигналом восстания. Но Исагани, все еще любящий изменившую ему Паулиту, врывается в дом, где собралась вся знать, предотвращает взрыв и тем самым обрекает восстание на провал.
Не ради занимательности введены в роман эти две сюжетные линии. На отношении своих героев к идее вооруженного восстания автор как бы проверяет себя, он хочет внушить читателю мысль, что все дороги обездоленных и притесняемых ведут к одному: к вооруженной борьбе. И какими бы мотивами ни руководствовался человек, своей нестойкостью он может нанести непоправимый вред общему делу. Как верный сын своего угнетенного народа, Рисаль хорошо понимал логику событий филиппинской жизни. И эта логика неизбежно подводила его к мысли о вооруженном выступлении.
Однажды Рисаль сказал: «Не надо страшиться, не надо приходить в смятение из-за того, что некоторые падут. Во всякой борьбе должны быть жертвы: самые великие битвы бывают и самыми кровопролитными. Что значит тюрьма? Что такое смерть? Иногда и болезнь приковывает нас к постели и отнимает жизнь. Все дело в том, чтобы и болезнь и смерть не оказались бесполезными для оставшихся в живых».
Роман «Флибустьеры» сыграл прогрессивную роль в освободительном движении Филиппин и был воспринят филиппинским народом как призыв к восстанию, а имя Рисаля стало знаменем борьбы.
Хосе Рисаль поклялся не покидать бельгийского городка Гента, где он работал над «Флибустьерами», до тех пор, пока книга не выйдет в свет. Но события на Филиппинах заставили его изменить это решение. Напрасно доказывал он в Мадриде в верховном суде, что его родные ни в чем не повинны, просил смягчить их участь. Высокомерные идальго остались глухи к просьбам мятежного «индио». Ничего не дала и аудиенция у королевы.
Сдав в 1891 году роман в типографию, Рисаль срочно выезжает в Гонконг, куда бежали от преследований его родители, сестры и брат. Наконец-то они все вместе! Наконец-то он может отдохнуть, пожить в семье, заняться научными исследованиями, своей любимой медициной! Он рожден для науки, для искусства. Ему уже тридцать один год, а великие замыслы все еще не воплощены в мраморе, на полотнах, в стихах, в научных трактатах.
Подобно своему герою Симоуну-Ибарре, Хосе в скором времени становится весьма богатым и уважаемым. Его знают в Малайе, в Гонконге, в Японии и Китае. Прослышав о «чудесном докторе Хосе», со всех сторон съезжаются в Гонконг больные. Индонезийцы, филиппинцы, индийцы… Приезжают с острова Борнео, зовут Рисаля в благодатный край.