Лоренцо, так и оставшегося простым гражданином, похоронили на кладбище, но в 1534 году прах перенесли в фамильный склеп при церкви Сан-Лоренцо. Здание капеллы, иначе называемой Новой ризницей (итал. Sacrestia Nuova), вместе с частью убранства считается самым трагическим творением Микеланджело и одним из наиболее значительных произведений мировой культуры. Мастер получил заказ после очередного переворота, испытав тяготы осады, затратив много душевных и физических сил, едва не расставшись с жизнью при защите Флоренции и многострадальных Медичи, которых вновь пытались свергнуть. Он приступил к работе, будучи в тяжелой депрессии, разочарованный в людях и с не присущим себе мистицизмом обратившийся к Богу, не случайно в статуях капеллы отразились переживания, выпавшие в тот период на долю и самого Микеланджело, и его родного города.
Возведенная им пристройка к церкви Сан-Лоренцо получилась, согласно замыслу, небольшой, но высокой, с кессонным куполом и световым фонарем. Три стены зала ваятель решил занять гробницами, поскольку четвертая, с глубокой нишей, была отведена для алтаря: священнику при чтении заупокойных молитв надлежало стоять спиной к стене, а лицом к надгробиям. Напротив алтаря, у гладкой белой стены в невысоком саркофаге без всяких украшений были погребены Лоренцо Великолепный с братом Джулиано. Их покой и поныне охраняют статуи печальной Мадонны с младенцем, святого Козьмы и святого Дамиана. Библиотека Лауренциана и капелла Медичи оказались последними флорентийскими работами Микеланджело. Он надолго пережил покровителя и, по выражению Вазари, «обретя друга своего таланта» в лице папы Климента VII из того рода, все же покинул любимый город. Его жизни ничто не угрожало, просто мастеру-республиканцу не нашлось места в монархическом государстве, каким вскоре стала Флоренция. Он скончался в Риме и был с большими почестями погребен в храме Сант-Апостоло. Папа Пий IV собирался воздвигнуть ему памятник в соборе Святого Петра и не хотел слушать о перенесении праха своего любимца во Флоренцию, о чем его просили послы герцога Тосканского Козимо. В свое время Лев X пытался вернуть покоившиеся в Равенне останки Данте, но получил отказ: совет этого города заявил, что не отдаст даже мертвого поэта тем, кто так жестоко обходился с ним при жизни. Без ответа остался и запрос по поводу Микеланджело, однако в этом случае герцогский посланник не стал долго просить, тайно пробрался в гробницу, где лежало едва остывшее тело скульптора, и, велев упаковать его так, как купцы паковали тюки с товаром, вывез во Флоренцию.
«Для устройства похорон и пышных погребальных церемоний были избраны живописцы Бронзино и Вазари, скульпторы Челлини и Амманати, люди с незапятнанными именами и в своем искусстве славные. Микеланджело упокоился там, где хотел, то есть в Санта-Кроче, где лежали его предки». Описывая похороны великого ваятеля, Джорджо Вазари с нескрываемым восторгом поведал о том, как он, будучи старым и больным, «принялся за глыбу мрамора, чтобы высечь круглые статуи выше человеческого роста (композиция “Оплакивание Христа” с Никодимом) и мертвого Иисуса для собственного удовлетворения и препровождения времени, поскольку не мог оставаться без дела. Как он сам говорил, работа молотком сохраняет в теле здоровье. Последнее творение осталось незавершенным и претерпело много невзгод…». Считается, что в образе Никодима скульптор запечатлел себя, помимо того, изобразив изменения в искусстве Флоренции, медленное движение вниз, к упадку и ничтожеству.
В капелле Медичи Микеланджело творчески развил идеи Филиппо Брунеллески – создателя Старой сакристии, – но представил союз скульптуры и архитектуры намного более гармонично, чем предшественник. «Он думал подражать, но создал нечто, весьма отличное, удивив новизной столь красивых карнизов, капителей и баз, дверей, ниш и гробниц. И вольности эти весьма приободрили тех, кто, увидев его работу, начал ему подражать; после чего в их украшениях появились новые выдумки, скорее как причуды, чем согласно разуму или правилам. Поэтому художники ему бесконечно и навеки обязаны за то, что он порвал узы и цепи в тех вещах, которые они неизменно создавали на единой проторенной дороге» (Джорджо Вазари).