Между тем главной достопримечательностью собора является капелла Сан-Джованни Баттиста. Генуэзцы очень гордятся тем, что их предкам во времена Первого крестового похода удалось вывезти из Палестины мощи Иоанна Крестителя. Святыня находилась сначала в главном зале, а в 1465 году была перенесена в сооруженную специально для того часовню рядом с алтарем, позже украшенную копией «Тайной вечери» Леонардо да Винчи. Немного раньше останки брата Иисуса Христа упокоились в каменном саркофаге, где и хранятся до сих пор. Со временем, когда само здание обрело яркий готический вид, реликвию окружили 6 статуй работы Чивотали, фигуры Богоматери и самого Предтечи, выполненные Андреа Сансовино, а также резные вещи Якова-Вильгельма де Порто. Храня в себе святыню, капелла Иоанна Крестителя не стала местом всеобщего поклонения, может быть потому, что прикоснуться к мощам могли только мужчины, ведь вплоть до XX века женщины сюда не допускались.
Главной ценностью соборной ризницы долгое время являлось Священное блюдо (итал. Sacro catino). По одному преданию, этим сосудом красивого зеленого цвета во время Тайной вечери пользовался сам Христос. Другая легенда относит его создание в Кессарию, откуда посудина была доставлена в Иерусалим, чтобы попасть к Иосифу Аримафейскому, собравшему в него кровь Учителя. Так или иначе, но сей предмет представляет собой немалую ценность хотя бы из-за своей древности. Сначала служители собора думали, что Священное блюдо сделано из цельного изумруда. Однако наполеоновские солдаты разбили его, переправляя в Париж, и невольно раскрыли секрет: сосуд оказался стеклянным, вернее, был изготовлен из стеклянной массы в технике, которой владели мастера Древнего Востока. В свое время многие вещи из ризницы собора Сан-Лоренцо переместились в устроенный здесь же музей-сокровищницу, где постепенно собралась богатая коллекция ювелирных изделий и золотой и серебряной утвари разных эпох, от романской до раннего модерна.
Почти одновременно с собором в городе появилась церковь Сан-Джованни ди Пре, вначале служившая приютом для паломников. Во времена Крестовых походов богомольцы толпами прибывали в Геную, благо в лигурийской столице имелся порт и было достаточно кораблей, готовых отвезти любого желающего в Святую землю, конечно, за солидную плату.
Никогда не бывшая ничем, кроме как церковью, Санта-Мария ди Кастелло признается наиболее значительным из множества религиозных памятников Генуи. Построенная в романском стиле, она украшает город с XII века, когда был открыт еще один генуэзский храм, посвященный святому Донато. Сильно пострадав от времени, последний все же сохранил колокольню и первоначальные порталы – главный и два боковых, – оформленные одинаковыми колоннами и карнизами. В одном из старинных путеводителей автор, упоминая о деталях Сан-Донато, дополняет едва ли не каждую одним и тем же эпитетом: «…внутри прекрасной церкви…, прекрасные колонны, а слева прекрасное “Поклонение волхвов”».
Иезуитская церковь Сан-Амброджо на площади Маттеотти, сильно отличаясь от романских собратьев, представляет собой творение не менее прекрасное, но созданное в стиле барокко. Она была построена в XVI веке и сразу обрела убранство настолько внушительное, что уже тогда считалась музеем. Основное богатство этого храма составляет живопись: «Видение» над главным алтарем, созданное молодым Рубенсом, «Святой Игнатий, исцеляющий бесноватого» кисти Рубенса зрелого, «Мучение апостола Андрея» работы Семино Старшего, «Успение» кисти болонского академиста Гвидо Рени, чье творчество прошло путь от блистательного реализма до скучной условности. Отсутствие шедевров скульптуры здесь восполняют архитектурные детали, например 4 цельные колонны из черного мрамора.
Красота и величие, которыми Генуя, казалось, обладала всегда, слагались долго и трудно. В Средневековье наполненный дворцами город не радовал взор и не производил впечатление высокодуховного, несмотря на обилие храмов. Петрарка, зная, что пребывает в республике, назвал Геную «королевским городом, гордым своими людьми и своими стенами». Совсем другой увидел лигурийскую столицу Данте: «Море без рыбы, холмы без лесов, мужчины без чести, женщины без стыда…».