В Тобольске сибирский губернатор Д. И. Чичерин вскрыл доставленный Креницыным пакет с инструкциями экспедиции, и только тогда последнему стало известно истинное назначение его прибытия в Сибирь. Он мужественно и просто принял к выполнению сложную и ответственную поставленную перед ним исследовательскую задачу.
Губернатор Чичерин принял решение изменить характер работы экспедиции и отказаться от работы ее участников на промысловых судах. Он распорядился построить для экспедиции в Охотске два судна и передать их под команду Креницына. В Тобольске к экспедиции были прикомандированы 10 штурманских учеников из местной навигационной школы и команда из «нижних чинов». Экспедицию снабдили необходимыми материалами и припасами.
Губернатор Чичерин составил особую инструкцию для экспедиции, в которой поместил различные советы и указания властям Якутска, Охотска и Камчатки в части содействия и обеспечения экспедиции. Для самого Креницына в ней было указано:
Далее в рассказе об экспедиции все цитаты взяты из «Экстракта из журналов морской секретной экспедиции под командою флота капитана Креницына и капитан–лейтенанта (что ныне капитан) Левашова разных годов в бытности их в той экспедиции, с 1764 по 1771 годы», помещенные в 2, с. 435–458.
Перезимовав в Тобольске, 5 марта 1765 г. экспедиция тронулась в дальнейший путь в Иркутск. Проездом через Томск Креницын
15 мая экспедиция на пяти плошкоутах поплыла вниз по реке к Якутску,
В Якутск экспедиция прибыла 5 июня 1765 г. Там Креницын взял в состав экспедиции 20 казаков местной команды. Все приспособления, материалы и припасы, необходимые в дальнейшем для проведения экспедиции, уложили в сумы и ящики, весом каждый 2, 5 пуда (40 кг), и
В Охотске строившиеся для экспедиции два судна еще не были готовы. Местные судостроители сумели только положить кили и установить несколько шпангоутов. Затем строительство судов прекратили из‑за недостатка лесных материалов. Креницыну пришлось вмешаться и взять дело строительства судов в свои руки. Суда были спущены на воду 25 августа следующего, 1766 г.
Для экспедиции построили бригантину «Св. Екатерина» длиною по килю 60 футов, шириною 12 футов (18 и 3,6 м соответственно), ею командовал сам Креницын. Это был небольшой бриг, легкое двухмачтовое судно с прямыми и косыми (на гротмачте) парусами.
Вторым вновь построенным судном был гукор «Св. Павел» длиною по килю 55 футов, шириною 18 футов (16,5 и 5,4 м), им командовал Левашов. Гукор являлся промысловым двухмачтовым судном с широким носом и круглой кормой. Кроме того, для участия в экспедиции отремонтировали два старых судна, находившиеся в Охотском порту: галиот «Св. Павел», торговое двухмачтовое судно, командир штурман Дудин–меньший, и бот «Св. Гавриил», небольшое гребно–парусное судно, командир Дудин–больший.