Правда, в отличие от Фонвизина, Новиков, по словам Николая Михайловича Карамзина, был «теософическим мечтателем», в 1775 году он вступает в ложу «Астрея», затем — «Латона» и в масонских кругах значится под именем Коловион. Масонами были и прямые начальники Фонвизина, И. П. Елагин, являвшийся Провинциальным великим мастером, и Н. И. Панин, заместитель Великого мастера, а также его коллеги по цеху — А. П. Сумароков, М. М. Херасков, В. И. Майков, И. Ф. Богданович, В. И. Лукин, Ф. Г. Волков. Исследователи творчества Фонвизина отмечают, что молодой писатель и переводчик был близко знаком с влиятельными и принимавшими участие в его судьбе масонами И. И. Мелиссино, И. Г. Рейхелем, тем же И. И. Шуваловым, перевел «масонский роман» Террассона «Геройская добродетель, или Жизнь Сифа», но масоном, судя по всему, не стал ни по убеждению, ни из карьерных соображений, ни из стремления следовать моде. По крайней мере, прямыми свидетельствами, указывающими на принадлежность Фонвизина к какой-либо из лож, мы не располагаем. Сам же он если о масонстве и размышляет, то преимущественно в ироническом ключе: рассказывая в одном из писем сестре Феодосии о своем путешествии по Германии в 1784 году, он, между прочим, отмечает, что «предлинный и превысокий крытый мост по Эльбе, чрез который мы ехали при ночной темноте, так страшен, что годился б чрезмерно хорошо к принятию в масоны. Мы думали, что нас везут в жилища адских духов…». Насмешливо-неодобрительное отношение к масонству сближает Фонвизина с императрицей Екатериной, потешавшейся над мартинистами в своих комедиях, а масонские писания любимого ею Елагина назвавшей «удивительной чепухой, из которой явствует, что он сходил с ума». Причины нелюбви Екатерины к масонству известны хорошо, но чем вызвано неприятие масонства Фонвизиным? Влиянием патриархально благочестивых родителей? Врожденным скептицизмом и органической неспособностью воспринимать учение вольных каменщиков всерьез? Независимостью ума и стремлением идти своим путем, не считаясь с мнением даже почитаемых им братьев Паниных?
И шире — что для Фонвизина религия? Каковы его духовные искания? Был ли он глубоко верующим человеком? Об этом «наш первый скептик» рассказывает в «Чистосердечном признании» и рассказывает очень обстоятельно. Другое дело — можно ли считать этот источник достоверным? Не пытается ли его автор, к тому времени уже разбитый параличом и стремящийся постигнуть причины этого божьего наказания, подправить свою биографию и нарисовать портрет вымышленного персонажа? Несомненно, его «признание» «чистосердечное» и истинное, настоящее «христианское раскаяние», но не заблуждается ли он на свой счет, не выдает ли за действительное желаемое? По этому поводу существуют самые различные, часто диаметрально противоположные мнения, и все они в равной степени мало доказуемы. Из его покаянного повествования, остающегося главным источником сведений о событиях жизни и образе мыслей молодого Фонвизина, следует, что он всегда был добродетелен и совестлив, пережил заблуждения молодости, из-за «безрассудной остроты» прослыл безбожником, но его доброе сердце всегда было открыто для Бога и «благоговейно его почитало».
Как следует из «Чистосердечного признания», главным искусителем и противником Фонвизина был князь Козловский: в 1763 году он ввел юного москвича в общество петербургских богохульников, в 1769 году познакомил его с вельможей, чей безбожный образ мыслей смог «поколебать душу» молодого человека. По Фонвизину, знакомство с вольтерьянцем Козловским в конечном итоге послужило его спасению: от него он бежит в 1764 году, ему он «по наитию здравого рассудка» объясняет «безумие неверия» в 1769 году. Фонвизин утверждает, что в этот год он пережил духовный переворот, задумался о вере и оказался способен здраво о ней рассуждать. Теперь, «придя в совершенный возраст», Фонвизин непрестанно упражняется в «богомыслии», штудирует Библию, а после многочисленных бесед с «умным человеком», сенатором и отечественным философом (правда, в свое время сильно обидевшимся на Тредиаковского и по этой причине едва не заколовшим его шпагой, своими «плутнями» рассердившим Ломоносова, а в спасительном для молодого Фонвизина разговоре начавшим бранить обер-прокурора Священного синода Петра Петровича Чебышева исключительно «из личной ненависти») Григорием Николаевичем Тепловым находит способ «определить систему в рассуждении веры». По совету Теплова Фонвизин читает «Самуэля Кларка доказательства бытия Божия и истины христианской веры», и его смутные предчувствия и «правильные» ощущения тотчас подтверждаются «неоспоримыми доводами». Цель достигнута, существование Бога сомнению больше не подвергается, правда, теперь, на рубеже 1780–1790-х годов, перед Фонвизиным стоят несколько иные задачи: бывшему богохульнику необходимо понять, в чем причина его мучительного недуга, чем он прогневил Бога и за что он понес столь суровое наказание.