В решении внутренних проблем страны деятельность Рузвельта была весьма неоднозначной. Президент санкционировал интернирование этнических японцев (насильственное перемещение в специальные лагеря около 120 тысяч японцев с западного побережья США), причем это касалось как тех, кто все еще оставался поданным императора, так и рожденных в США, т. е. имеющих американское гражданство. Он разрушил их жизнь, отправив в лагеря, официально называвшиеся «военными центрами перемещения». Ответственным за данную операцию был назначен министр юстиции Фрэнсис Биддл (с целью справиться с его излишним либерализмом). От участия в диспутах о расовой сегрегации в армии президент отказался, полагая, что у него и так достаточно дел. Рузвельт посчитал, что назначение трех чернокожих полковников к концу 1942 года должно было бы стать адекватной мерой, чтобы смягчить ситуацию. Однако позволил, чтобы его любимый род войск, Военно — морские силы США, оставались почти полностью «белыми». Гораздо лучше удалось при посредничестве Комиссии по вопросам справедливого найма на работу обеспечить соответствующие возможности чернокожим на оборонных предприятиях. Хотя и над этим пришлось долго ломать голову. Легко предположить, что бы он сказал о карьере генерала Колина Пауэлла, который стал председателем Объединенного комитета начальников штабов и Государственным секретарем США. Конечно, президент высказался бы одобрительно, хотя, вероятно, добавил бы, что не может идти против общественного мнения, которое в 2001 году сильно отличалось от мнения в 1942–м.
В вопросах общей обороны ФДР был склонен назначать временных «царьков» вне механизмов управления в мирное время, обязанности которых скорее дублировали друг друга, чем были четко обозначены для каждого по отдельности. Исключением из правила, вероятно, было Ведомство по вопросам управления ценами, возглавляемое Леоном Хендерсоном, трезво мыслящим и преданным идее «нового курса» человеком, который при активном содействии Джона Кеннета Гэлбрейта (на его первом правительственном посту) делал все возможное, чтобы снизить уровень стоимости жизни. Ведомство по вопросам управления производством находилось под совместным управлением этакого «двуглавого орла» — Сидни Хиллмана, сына иммигрантов, и Уильяма С. Надсена, иммигранта, который преуспел благодаря конвейерной линии
Помимо кадровых перестановок в этих организациях, Рузвельт весьма серьезно отнесся к резким критическим замечаниям, высказанным Сенатским комитетом по расследованию программ национальной обороны, возглавляемым Гарри Трумэном, относительно несоответствия оборонных мер необходимым требованиям. Критика была чаще всего основана на фактах, потому Рузвельт считал ее конструктивной, в отличие от критики комитета Дайса по расследованию антиамериканской деятельности при Палате представителей, названной в честь ее председателя Мартина Дайса, конгрессмена от Демократической партии (штат Техас). Дайс был ярым противником Рузвельта; он проложил дорогу сенатору Джозефу Маккарти. Рузвельт полагал, что сотрудничество с комитетом Трумэна было наилучшим способом продемонстрировать свой интерес к Конгрессу. ФДР оказался прав, поскольку, несмотря на то, что комитет высказывал острую критику, это помогло Гарри Трумэну приобрести репутацию государственного политика и не мешало Рузвельту остановиться на кандидатуре Трумэна на пост вице — президента на выборах 1944 год. По сравнению с остальными кандидатурами — Уоллесом, Бирнсом, Баркли, даже судьей Верховного суда Уильямом О. Дугласом — выбор в пользу Трумэна оказался весьма выгоден западному миру.