В 1943 году Икес писал Рузвельту, что с дискриминацией, «хотя ее следует считать явлением местного масштаба, нельзя бороться иначе чем на общенациональном уровне. Это не локальный вопрос — это вопрос общенациональный». Действия Комитета по справедливой практике найма (КСПН) и другие робкие усилия не могли, однако, справиться с напором расовых предрассудков и опрокинуть эту громаду. КСПН признавал свое бессилие перед лицом вызывающей практики дискриминации со стороны железнодорожных профсоюзов. Первый доклад КСПН о проблемах военной подготовки Агентством по образованию положен Рузвельтом под сукно по рекомендации военного министерства и Марвина Макинтайра. По настоянию Государственного департамента Рузвельт остановил слушания в КСПН вопроса о дискриминации американцев мексиканского происхождения «из соображений международного характера». Когда Агентство по образованию в Вашингтоне призвало университеты белых на юге нанимать преподавателей-негров, Джексон в «Дейли ньюс», издававшейся в Миссисипи, откликнулся так: «...к черту... Никто, кроме невежественного и тупого осла, не предложит такой немыслимой и невозмутимой меры». Законодатели Южной Каролины заявили: «Мы боремся за превосходство белых» в этой войне; а Дж. Эдгар Гувер докладывал Рузвельту, что «беспорядки на расовой почве в значительной части провоцируются коммунистической активностью». За два месяца до Пёрл-Харбора директор Службы воинской повинности Херши писал Рузвельту: «Очевидно, что рано или поздно мы придем к процедуре использования и вознаграждения людей в естественном порядке, а не по цвету кожи». Через три года борьбы с расизмом белых Херши изменил свое мнение: «...что нам удастся сделать, так это внедрить дискриминацию из каждодневной жизни в армию».
Поведение Рузвельта отличалось противоречивостью. В середине зимы 1944 года он созвал специальную пресс-конференцию с членами Ассоциации издателей негритянских газет. Едва президент закончил приветствовать гостей, как Джон Сенгстэке из чикагской «Дефендер» зачитал от имени ассоциации заявление. Продолжительное время Рузвельт слушал, как Сенгстэке перечислял обиду за обидой, проистекавшие из дискриминации в сфере производства, обучения в школах, участия в выборах и гражданских прав. Гражданство второго сорта, говорил оратор, противоречит Декларации независимости и Конституции, а также наносит ущерб военным усилиям. Президент оценил заявление как ужасно своевременное; сказал, что рад узнать о вкладе ассоциации в общую борьбу; подтвердил, что администрация против расовой дискриминации. Когда председатель КСПН Росс предложил организовать в Уорм-Спрингсе лечебницу для жертв младенческого паралича среди черных, Рузвельт написал жене: «...ты можешь сообщить господину Малколму Россу, что в Институте Таскеги имеется целое отделение для лечения детей негров». Он нетерпеливо спрашивал у помощника:
— Что я смогу сделать для этого?
Другая раса, подвергавшаяся в Америке дискриминации в разгар войны, американцы японского происхождения в концентрационных лагерях, тоже встретила сочувствие и поддержку президента. В сентябре 1943 года Рузвельт публично пообещал:
— Мы восстановим право ссыльных вернуться в прежние места проживания, как только позволит военная обстановка.
Когда Стимсон заявил в мае 1944 года президенту, что армия не видит причины содержать лояльных японцев в лагерях, Рузвельт предложил ему прозондировать общественные настроения в Калифорнии. На заседании правительства Стимсон предупредил, что, если японцев не освободить, в лагерях могут произойти беспорядки, а Токио выместит свой гнев на военнопленных-американцах. Президент ответил, что внезапная отмена правила, исключающего проживание японцев на Западном побережье, была бы ошибкой. Проблему следует решать с величайшей осторожностью, с учетом того, возвращение какого количества семей примет общественное мнение в конкретной местности Западного побережья, а также путем постепенного переселения одной-двух семей из лагерей в отдельные округа по всей стране. Он счел, что некоторое число американцев японского происхождения примет и округ Датчисс. Затем обнаружилось, что Икес — под юрисдикцию его ведомства передана в начале 1944 года Администрация по переселению военного времени — выступает за немедленное освобождение японцев. Халл предупредил, что Токио отреагирует, вероятно, более остро на инциденты в лагерях, чем на эпизоды в обычной жизни. Это придало проблеме новый облик. В сентябре заместитель министра внутренних дел Абе Фортас доложил, что из 114 тысяч ссыльных свыше 30 тысяч выпущены на неопределенное время; 60 тысяч оставались в лагерях и освобождались по 20 тысяч в месяц. Свыше 18 тысяч американцев японского происхождения все еще находились в ссылке у озера Туле и пока не подлежали переселению.