Основной особенностью авторской методики работы с источниками была фактическая подгонка документального материала под предварительно сформулированную концепцию. Отман ставил задачу доказать ряд теоретических положений, а потому с особой тщательностью отбирал малейшие данные, способные их проиллюстрировать. Подход к подбору источников страдал несомненным схематизмом; в частности, мыслитель допускал натяжки, распространяя на предмет исследования суждения и свидетельства, относящиеся к другим временам и явлениям. Так, например, упоминая о свободолюбии франков, Отман ссылается на свидетельства Тацита, относящиеся к совершенно иным германским племенам. Мыслитель даже позволял себе искажать смысл источников, дополняя их собственными словами для усиления эффекта воздействия на читателя или изымая из оригинального текста не устраивавшую его информацию. Рассказывая в разных главах трактата об одном и том же событии, Отман нередко вырывал из контекста источника отдельные факты и интерпретировал их вопреки историческому содержанию оригинала. Так, в описании убийства франкскими королями Хильдебертом и Хлотарем своих малолетних племянников, автор опустил слова Григория Турского об отчаянии Клотильды, фактически возлагая вину на нее, а не на непосредственных участников преступления. В данном случае толкование Отмана вступало в противоречие не только с источником, но и с его собственными суждениями, высказанными в другой главе «Франкогаллии». Безусловно, обращение мыслителя с источниками было зачастую произвольным. Впрочем, следует отметить одну важную особенность «авторской лаборатории» — на уровне технического оформления научный аппарат «Франкогаллии» гораздо аккуратнее, чем у большинства историков того времени.
Отман считал необходимым непосредственно в тексте давать точные ссылки на книги и главы тех сочинений, которыми пользовался; на сегодняшний день исследователям не удалось идентифицировать только некоего «хрониста Идалия». Подобная дотошность в техническом оформлении своего трактата преследовала двойную цель: с одной стороны, убедить читателя в правоте авторских рассуждений, а с другой, — обезопасить себя на случай появления критических выпадов оппонентов. Удивительным образом в работе Отмана сочеталась аккуратность приведения выходных данных источников с их нередко весьма искаженным, далеким от точности оригинала цитированием. Возможно, возникновение расхождений в тексте оригинала и фрагмента, приведенного во «Франкогалии», связано с характером изысканий мыслителя — нельзя исключать, что многие памятники он цитировал по памяти; такая практика повлекла за собой тиражирование ошибок и неточностей. На эту своеобразную сторону работы Отмана с источниками обратили внимание его политические противники, прежде всего, получивший превосходное филологическое образование П. Массон. Именно он уличил оппонента в ряде передержек и существенных неточностей.
Однако данная полемика, завязавшаяся в 1575 г., в которой позднее приняли участие Этьен Пакье и Жан Боден, заставила Отмана вновь взяться за работу над «Франкогаллией».
При последующих изданиях изменения в текст вносились посредством более обильного цитирования разнообразных источников, призванного доказать теоретические построения Отмана. Зачастую автор усложнял восприятие собственного текста, загромождая его многочисленными (порой излишними) ссылками. Один и тот же тезис он подкреплял указаниями на источники разной степени достоверности, ценности и информативности. Так, например, для Отмана имеют одинаковую важность данные свидетелей описываемых событий (Григорий Турский), позднейших (Сигиберт, Оттон Фрейзингенский) и даже современных ему писателей (И. Тритемиус, Г. Муций).
В результате разрастания библиографического аппарата текст «Франкогаллии» значительно увеличился: издание 1586 г. почти в два раза превышает по объему editio princeps; количество ссылок также весьма велико: 200 на труды античных авторов и около 300 — на произведения средневековых и ренессансных писателей.
Фундаментальный корпус источников, использованный Отманом при подготовке «Франкогаллии», отличается обширностью и многоплановостью; все документальные материалы можно сгруппировать по времени их создания и содержанию. В духе гуманистической историографии мыслитель уделял преимущественное внимание анализу текстов классической эпохи, отдавая предпочтение штудированию римских авторов. Менее всего Отман был осведомлен в трудах греческих писателей, отсюда и редкость ссылок на их произведения во «Франкогаллии». Однако отличное образование и эрудиция позволили мыслителю в необходимом для работы объеме освоить трактаты крупнейших философов и историков греческого мира: Аристотеля, Платона, Полибия, Ксенофонта и Плутарха. Во «Франкогаллии» встречаются отсылки к трудам Гомера и Исократа, а также (в главах, посвященных ранней истории франков и галлов) сочинениям античных географов, прежде всего, Страбона и Птолемея.