После обретения стигматов Франциск прожил еще два года. Почти все это время он тяжело болел. Нетрудно понять, что после такого огромного эмоционального и душевного потрясения, как преображение на Верне, телесное здоровье «серафического отца» практически закончилось. Правда, с декабря 1224-го по февраль 1225 года наш герой успел совершить последнюю проповедническую поездку по Умбрии. Ходить он, судя по всему, уже не мог совсем и передвигался только верхом. По возвращении болезнь глаз резко обострилась. Состояние Франциска ухудшалось день ото дня, но он, верный своему принципу — не потакать брату ослу, то есть собственному телу, лечиться не собирался. Братья переживали за него, уговаривая обратиться к врачу, но он постоянно отмахивался от них и послушался только руководителя ордена. Мы уже говорили, каким образом лечили Франциска от болезни глаз, — раскаленное железо не принесло особой пользы, как, впрочем, и мягкие повязки с глазной мазью. Он уступил настояниям старого друга, кардинала Уголино, и согласился на эту пытку, оказавшуюся бессмысленной (если не считать практики договаривания с огнем). Он смягчился и наконец-то перестал бить и мучить брата осла, свое изможденное тело, поскольку признал, что оно честно служило ему много лет, до сей поры не отказывая ни в чем. Во «Втором житии» он так и говорит после увещевания братьев: «Возрадуйся, брат тело, и прости меня, вот я готов теперь исполнить твои желания, я охотно выслушаю твои жалобы!» Правда, брату телу уже нельзя было никак помочь. Франциску было чуть больше сорока. Знал ли он о том, что осталось ему недолго? Разумеется, знал.
У Фомы Челанского записана легенда, что однажды к Илье Кортонскому пришел некий почтенный старец в одежде священнослужителя и возвестил, что брату Франциску осталось жить два года, а через объявленный срок, когда исполнится 20 лет со дня его приснопамятного обращения ко Христу, Господь призовет его к себе. Как и подобает человеку, который отверг мудрость мира сего ради креста, Франциск отреагировал на это с радостью и веселием.
Когда он сложил с себя обязанности генерала ордена и остался всего лишь одним из братьев, генеральным министром стал, как уже говорилось, Илья Кортонский. Известно, что он председательствовал на Генеральном капитуле 1223 года, в то время как Франциск смиренно сидел у его ног и время от времени сообщал ему на ухо свое мнение, которое Илья немедленно доводил до сведения всего капитула. Принято считать Илью едва ли не иудой среди францисканцев, любителем почестей и благ, полностью исказившим смысл заветов Франциска. Честертон, со свойственной ему запальчивой решительностью, выразился о нем: «Беда его в том, что под францисканской одеждой билось не францисканское сердце, или францисканский капюшон покрывал не францисканскую голову. Он не был хорошим францисканцем». Но вряд ли это будет правдой — или всей правдой. Илья, безусловно, был сыном Марфы, как сам Франциск — сыном Марии. И там, где Франциск выбирал благую долю — слушать слово Спасителя, проповедовать птицам, срываться и лететь на край света, чтобы стяжать мученический венец или обратить толпы неверных, Илья оставался на месте, следил за приемом новых братьев, решал житейские простые вопросы, берег покой Нищих дам и изыскивал возможности пропитать братию, не оскорбив при этом госпожу Бедность. Дети Марии часто свысока относятся к вечно озабоченным сынам хлопотуньи Марфы, им никуда не деться от взаимных раздражений и, может быть, обид — уж слишком они разные. Но преступно будет забывать, что при этом Мария и Марфа — родные сестры, и Господь равно любил обеих. Идеальный францисканец Франциск, получив свои стигматы и увидев мир глазами распятого серафима, в прямом смысле слова «спустившись на землю с небес», начинает ценить своего «приземленного» викария, который опекает всех, находящихся рядом, — и братьев, и приходящих, и истерзанного болезнями основателя. Говорят, у многих людей, переживших опыт клинической смерти, меняется некая «точка сборки». Они становятся мягче, охотнее идут на компромисс, иными словами, узнав нечто очень важное, перестают раздражаться на второстепенное. Может быть, причастность небесным тайнам и великое посвящение, которого удостоился Франциск, в новом свете представило ему смысл земных тревог и попечений, и там, где раньше он видел дьявольскую ловушку на пути к Царствию Небесному, сейчас перед ним была пусть и неловкая, но забота и любовь. К тому же кардинал-протектор ордена Уголино велел ему делать для своего здоровья все, что необходимо, и указал, что любое небрежение будет не добродетелью, а скорее грехом. На том же настаивал и Илья — непосредственный Францисков начальник. Пришлось подчиниться — не из страха перед смертью, а ради святого послушания.