Третий Международный конгресс, собравшийся 21-22 сентября 1911 года в Веймаре, прошел на высоком уровне. Американец Патнем, который произвел на Фрейда очень благоприятное впечатление, приводит высказывание последнего по окончании дискуссий психоаналитиков: "Они научились переносить правду". Вскоре после Веймарского конгресса Ганс Шах и Отто Ранк основали новый журнал по психоанализу под названием "Имаго", задачей которого было отражать психоаналитические исследования в области гуманитарных наук. Четверо психоаналитиков, которым было предложено редактировать журнал, отказались, и в конце концов главным издателем стал друг Фрейда Геллер. Первый номер журнала вышел 1 января 1912 года, положив начало престижной серии. В то же время вследствие неприемлемой позиции Штекеля, ставшего единственным издателем "Центральной газеты..." после отьезда Адлера в 1911 году, Фрейд решает основать новое издание - "Internationale Zeitschrift fur arztliche Psychoanalyse", которое начало выходить с января 1913 года и утвердилось в качестве официального органа Международного общества.
Все более углублявшиеся различия между учением Фрейда и ориентацией Юнга достигли предела на четвертом Международном конгрессе, состоявшемся в сентябре 1913 года в Мюнхене и собравшем 87 участников. Обстановка была сложной, доклады часто утомительными, так что Фрейд даже сказал о "невыносимо скучном" психоанализе, споры затягивались надолго. После обсуждений Юнг все же был избран в президиум Международного общества - 52 голосами при 22 против; Абрахам, который уже давно предостерегал Фрейда от позиции Юнга, призвал противников последнего голосовать против. Джонс приводит слова Юнга, сказанные после голосования: "Он подошел ко мне и сказал: "Я думал, что вы христианин" (то есть, не еврей); это замечание было совсем некстати, но, видимо, имело какой-то смысл".
Объединив вокруг себя имеющиеся общества. Международная психоаналитическая ассоциация способствовала созданию новых групп в разных странах. В "Итоговом отчете" Фрейд делает по поводу распространения психоанализа несколько интересных замечаний. Так, он отмечает, что "Франция до сих пор остается наименее восприимчивой к идеям психоанализа, хотя А.Маэдер из Цюриха опубликовал свои основательные работы, позволившие французским читателям получить доступ к психоаналитическим теориям. Первые благоприятные отзывы пришли из французской провинции. Моришо-Бошан (из Пуатье) был первым французом, открыто принявшим психоанализ. Позднее (в 1913 году) господа Режи и Эснар (из Бордо) в докладе, в котором часто отсутствует ясность и который направлен главным образом против символизма, попытались развеять предубеждения своих соотечественников по отношению к новой теории. Психоанализ проникает в Голландию благодаря Ван Эмдену, Ван Опуизену и Ван Рентергему; в Швецию - благодаря П. Бьерру, в Польшу - с помощью Л. Йекеля; в Россию (в Одессу) - через М. Вульфа; в Венгрии "Ференци, - пишет Фрейд, - стоит один целого общества". Вскоре к движению примкнет Италия благодаря Лев-Бьянчини и Эдуарде Вейссу; небольшие группы действуют даже в Индии и Австралии. Джонс, покинувший Канаду и поселившийся в Лондоне, придал мощный импульс развитию психоанализа в Англии. Интересно отметить важные с идейной точки зрения аргументы, приводимые по этому поводу Фрейдом: "Благодаря практичности англичан и их страстной любви к справедливости, психоанализ достигнет там высочайшего развития".
Страстная и плодотворная дружба, связывавшая Фрейда и Флиесса, пройдя через период взаимных уколов в начале 1900-х годов, привела к драматическому разрыву в 1906 году. Флиесс обвинил Фрейда в том, что тот пересказал своему ученику Свободе его идеи по поводу бисексуальности, последний, в свою очередь, сообщил эти идеи Отто Вейнингеру, который включил их в свою книгу "Пол и характер", опубликованную в 1904 году. Фрейд, которому очень не хотелось признавать приоритет Флиесса в концепции бисексуальности, как мог, защищался. В небольшой статье, вышедшей в 1906 году не без помощи Флиесса, разоблачался "плагиат" Фрейда, Свободы и Вейнингера. Фрейд тут же резко ответил, обвиняя Флиесса в "диктаторском и грубом высокомерии", "мелочных личных амбициях", в "бумагомарании" и "фантазиях честолюбца", - "жестокие слова, - признал Фрейд, - против того, с кем я в течение двенадцати лет был связан самой близкой дружбой...".