На суда взяли полуторагодичный запас продовольствия (галеты, муку, горох, засоленную говядину и свинину, треску, масло, сыр, пиво и иные продукты), товары, предназначенные для меновой торговли с туземцами, инструменты, четыре разобранных на части пинаса, много холодного и огнестрельного оружия и боеприпасов. Спустя десять лет, во время допроса, проведенного трибуналом инквизиции в Лиме, Джон Дрейк признался, что корабли флотилии «имели на борту все виды оружия и четыре или пять видов зажигательных снарядов, таких как бомбы, которые бросают рукой, снабженные острыми шипами, благодаря чему они способны легко вонзаться в поражаемый объект; огненные стрелы для поджигания парусов и кораблей, а также иные зажигательные приспособления… Некоторые из них были изготовлены в Англии перед тем, как они отплыли; другие были изготовлены пушкарями на борту. Оружие, которое они использовали, состояло в основном из аркебуз».
Некоторые испанцы, побывавшие в плену у Дрейка, позже утверждали, что на его судне было также много пистолетов и пик. Шкипер Сан Хуан де Антон заявил под присягой, что Дрейк вез с собой много всевозможного оружия, «такого как зажигательные бомбы и дротики с хитроумным приспособлением для поджога парусов кораблей; связанные цепью ядра для разбивания стеньг и других смертоносных дел; тали и такелаж, и много аркебуз, нагрудников, карманных пистолетов, конской сбруи, пик и огромное количество различных иных видов ручного оружия».
Флагманский корабль экспедиции был построен в 1560 году по французскому образцу в венецианских доках. Он имел двойную обшивку (однако не был покрыт свинцовыми листами), две палубы и три мачты: фок — и грот-мачты несли прямое парусное вооружение, а на короткой бизань-мачте подвешивался латинский парус. На блинда-рее, под бушпритом, ставился еще один парус — блинд. Штурвал в ту эпоху еще не вошел в употребление — для управления рулем традиционно использовался румпель.
Данные о размерах «Пеликана», приводимые в различных источниках, существенно расходятся. Согласно одним расчетам, длина его составляла 85,3 фута, ширина по палубе — 14,1 фута, осадка — 9,18 фута. По другим данным, общая длина судна составляла 120 футов, длина корпуса — 102 фута, а длина по ватерлинии — 75 футов; ширина равнялась 22 футам, глубина — 13,5 фута. Максимальная скорость, очевидно, не превышала восьми узлов. Экипаж насчитывал от 80 до 85 человек.
Помимо восемнадцати орудий, о которых упоминают Джон Дрейк и капеллан Флетчер, «Пеликан» мог нести несколько вертлюжных пушек. Португальский пилот Нуньо да Силва, захваченный в плен во время плавания, позже рассказывал, что галеон Дрейка имел по семь пушечных портов с каждого борта; кроме того, еще две пушки были установлены на корме и две — в носовой части. По словам да Силвы, 13 пушек были сделаны из бронзы, а остальные пять — из железа. Другой свидетель, Кустодио Родригес, тоже упоминал о восемнадцати пушках, но полагал, что лишь четыре из них были бронзовыми, остальные — железными.
Фламандец Николас Йорис, угодивший в плен к Дрейку у берегов Перу, сообщал, что «на корабле капитана Фрэнсиса имелось по пять орудий с каждого борта, два — на корме и еще два — на носу, то есть всего четырнадцать единиц. Для сражений они имели много видов холодного и огнестрельного оружия и были хорошо снабжены ручным оружием, таким как пистоли, аркебузы, стрелы и хитроумное устройство для поджога парусов». Другой пленник, Франсиско Хакоме, насчитал на борту «Пеликана» по четыре пушки с каждого борта, две пушки — на корме и две — на носу. Кроме того, еще две пушки Дрейк держал под палубой.
По свидетельству Сан Хуана де Антона, флагман англичан «нес по семь железных пушек на каждой стороне нижней палубы и две большие железные пушки на корме возле румпеля». Кроме того, «на верхней палубе он нес шесть тяжелых пушек, из коих две были бронзовые, и свидетель узнал у капитана [Дрейка], что еще больше артиллерии он перевозил внутри своего корабля».
Пленный писарь Доминго де Лисарса заявил, что во время захвата галеона «Какафуэго» корабль Дрейка «нес двенадцать тяжелых железных пушек, по пять с каждой стороны и две — на корме». Кроме этого, он видел, как англичане «вытащили из-под палубы четыре другие пушки, две из которых были бронзовыми», и узнал, что «еще две бронзовые пушки везли в качестве балласта».
«Пеликан» хорошо шел при легком попутном ветре, но терял ход на высокой волне. Кроме того, при сильном ветре и при галсировании в трюм активно просачивалась вода, которую приходилось откачивать с помощью помп.
Каюта генерал-капитана имела богатое убранство; вся посуда, предназначавшаяся для его стола, и часть кухонной утвари были изготовлены из чистого серебра; во время приема пищи слух Дрейка должны были услаждать четверо музыкантов. Вся эта показная роскошь предназначалась для того, чтобы продемонстрировать славу и богатство Англии и произвести впечатление на иностранных гостей, которые могли оказаться на борту судна в ходе экспедиции.