Во время перехода через Атлантический океан согласию, царившему на кораблях флотилии, пришел конец. Между Дрейком и его бывшим приятелем Томасом Даути начались серьезные трения. Два летописца экспедиции, Фрэнсис Флетчер и Джон Кук, утверждают, что проблемы с Даути начались после того, как он был переведен с борта «Кристофера» на призовое судно «Мэри» в качестве капитана. Компилятор их дневников пишет: «Дело приняло дурной оборот после одного столкновения с генералом, в котором Даути стоял на страже чести своей и всего дела. Когда у африканских берегов было захвачено португальское торговое судно, генерал назначил его капитаном Даути и приказал ему хранить доставшуюся добычу, не делая исключений ни для кого. Но на грех на этот же корабль был назначен и брат генерала Томас Дрейк, и будто бы этот Томас Дрейк нарушил запрет, взломал один из ящиков и запустил в него свою жадную руку. Даути узнал об этом и доложил по долгу службы своему начальнику. Фрэнсис Дрейк, говорили люди, пришел в неистовый гнев и кричал на Даути, что тот хочет запятнать честь не только его брата, Томаса, но и его лично, но что он, генерал, этого не допустит. Надо правду сказать, что характер нашего командира был властный и крутой».
Дрейк опросил членов команды «Мэри». Трубач Джон Брюэр (паж сэра Кристофера Хэттона), корабельный плотник Эдвард Брайт и некоторые другие заявили, что воровал не брат генерал-капитана, а Даути. Тогда решено было обыскать каюты обоих подозреваемых. Среди вещей Томаса Дрейка ничего подозрительного не нашли, зато в каюте Даути обнаружили кое-какую мелочь, принадлежавшую португальцам и не внесенную в общую опись: пару перчаток, горсть монет и небольшое кольцо. Оправдываясь, Даути сказал, что эти вещи не имели особой ценности и были открыто, при свидетелях, подарены ему одним из португальских пленников. Принятие подобных «презентов» не считалось преступлением.
Отстранив Даути от командования призом, Дрейк приказал ему перейти на борт «Пеликана», чтобы командовать там солдатами в его отсутствие; сам же генерал-капитан временно остался на борту «Мэри». Вслед за Даути на флагманский корабль был отправлен и доверенный человек Дрейка — Джон Брюэр. Ему, по всей видимости, было поручено провоцировать Даути с целью последующей его компрометации. Брюэр успешно справился с поставленной задачей. В один из дней Даути набросился на него с бранью, употребив выражения, которые весьма задели Дрейка (по мнению некоторых авторов, Даути велел матросам стащить с Брюэра штаны и отлупить его палками). Генерал-капитан приказал Даути подойти к борту «Мэри» на шлюпке и, отказавшись выслушать его, крикнул:
— Оставайтесь в лодке, Томас Даути, ибо я отправляю вас на «Суон», где отныне вы будете содержаться под стражей!
Джон Честер, командовавший «Суоном», приставил к заключенному надзирателя в лице Хью Смита, которому было велено «не вступать с ним в беседы и не брать из его рук никаких вещей». Мастер «Суона», Джон Сэроколд, имел репутацию грубой скотины и, вероятно, должен был позаботиться о том, чтобы сделать пребывание Даути на борту флибота невыносимым.
Переход флотилии Дрейка через Атлантику занял 63 дня. 17 февраля, согласно данным Клиффа, корабли пересекли экватор (Нуньо да Силва записал, что это случилось 20 февраля).