В декабре 1941 года войска Западного, Юго-Западного и Калининского фронтов перешли в контрнаступление, которое привело к разгрому основных группировок противника группы армий «Центр» на главном, московском направлении. Возникла острая необходимость в создании ГБА и в усилении ГБФ. На Западном фронте ГБА не существовало. Почти все ППГ и ПЭП находились в распоряжении начальника медицинской службы фронта. Так, например, на 1 ноября 1941 года из 81 ППГ, находившегося на Западном фронте, 59 подчинялись санитарному управлению фронта, в том числе 11 занимались лечением легкораненых, и только 22 ППГ находилось в пяти армиях, которые входили в состав фронта. Эта мера диктовалась условиями боевой деятельности войск. Ее отрицательные стороны смягчались наличием значительного количества во фронте автосанитарного транспорта, позволявшего осуществлять маневр в больших размерах. По постановлению Государственного Комитета Обороны Мосгорисполком передал медицинской службе Западного фронта 100 больших пассажирских автобусов. Они были быстро переоборудованы для перевозки тяжелораненых. Благодаря этому эвакуация одновременно нескольких сотен раненых не представляла сложной задачи.
Учитывая изменения в боевой обстановке, ГВСУ распорядилось возвратить находившиеся в пути на восток ЭГ на 66 000 коек и направило их фронтам, принимавшим участие в контрнаступлении, главным образом Западному и Калининскому. Кроме того, войска 4-й и 52-й армий вели упорные бои на Северо-Западном направлении. 9 декабря 1941 года был взят Тихвин. Вслед за этим радостным событием 17 декабря был создан Волховский фронт, которому, кроме названных армий, были переданы из резерва Ставки 59-я и 26-я (последняя была переименована во 2-ю ударную). Войска фронта отбросили противника за реку Волхов. Для организации ГБА и ГБФ также потребовались ЭГ.
Успешное контрнаступление наших войск на московском направлении переросло в январе 1942 года в общее наступление Красной Армии на советско-германском фронте, продолжавшееся по апрель 1942 года. На ряде участков наши войска продвинулись на запад на сотни километров.
После окончания контрнаступления под Москвой, переход в общее наступление в январе — марте 1942 года сопровождался большими боевыми санитарными потерями. Они были выше среднемесячных за всю войну и в Смоленском сражении, в котором наши войска не только вели оборонительные бои, но и переходили в контрнаступление, вынуждая противника обороняться на неподготовленных рубежах. Это объяснялось тем, что наша действующая армия имела превосходство только в численности войск, находившихся в резерве Ставки Верховного Главнокомандования и не имела превосходства в вооружении, в частности в танках и авиации. Уже в первых числах июля 1941 года начался демонтаж технологического оборудования и его эвакуация вместе с рабочими и инженерно-техническим персоналом на Урал, в Западную Сибирь, в Казахстан и Среднюю Азию. А ведь эти заводы давали армии в мирное время более 80 % всего вооружения, и только 18 % вооружения поставлялось заводами восточных районов страны.
Возникшая дополнительная необходимость в реэвакуации ЭГ осуществлялась по представлениям НКО СССР. В феврале 1942 года надлежало реэвакуировать из Уральского, Среднеазиатского и Сибирского военных округов ЭГ на 142 500 коек. Эвакуация и реэвакуация госпиталей проходили очень медленно. В частности, перевозка указанных выше ЭГ закончилась только к 1 июня 1942 года. Трудности с перевозкой госпиталей и их развертыванием в пунктах новой дислокации обусловливали перерыв в их работе от 10–15 дней до трех месяцев.
В ходе летне-осенней кампании 1942 года боевая обстановка резко изменилась в пользу вражеских войск. Пришлось вернуться от реэвакуации к эвакуации госпиталей из районов Юго-Западного направления. Кампания началась отдельными наступательными операциями наших войск. Так, на Юго-Западном направлении предполагалось разгромить Харьковскую группировку противника и занять Харьков, а на Северо-Кавказском направлении овладеть Крымом. В первые два дня наступление под Харьковом шло успешно. Однако противник заблаговременно сосредоточил здесь превосходящие силы и средства, перешел в наступление и вынудил наши войска отступить до Воронежа и Сталинграда. Лишившись научно-медицинских центров на Украине, в Воронеже и Сталинграде, ГВСУ и Главное управление госпиталей Наркомздрава СССР вынуждены были ориентироваться на Поволжский район, имевший значительную коечную сеть и научные медицинские центры, где число врачей непризывных возрастов составляло внушительную цифру. Эти врачи обладали большими знаниями и врачебным искусством.
Образовавшееся летом 1942 года Северо-Кавказское направление просуществовало недолго. Под давлением немецко-фашистских полчищ наши войска были вынуждены оставить Северный Кавказ, Керченский и Таманский полуострова и отойти в предгорья Кавказского хребта. Возникло Закавказское направление, госпитальной базой которого являлся Закавказский экономический район.