В ходе войны медицинская служба была вынуждена организовать у себя ремонт техники, аппаратуры и хирургического инструментария. Было отремонтировано 4700 дезинфекционных камер, 2360 душевых установок, 620 автоклавов, 119 рентгеновских аппаратов, 181000 хирургических инструментов. Военно-медицинская служба обзаводилась складами санитарно-хозяйственного и вещевого имущества, а также ремонтными базами. Без этого нельзя было обойтись. И все это диктовалось особенностями Великой Отечественной войны, небывалой по размаху, напряженности и ожесточенности сражений, сопровождавшихся большими боевыми санитарными потерями. В целях экономии расхода перевязочных средств медицинские учреждения подвергали стирке марлевые бинты для повторного их использования.
Управление кадров вскоре после организации ГВСУ возглавил военврач 1 ранга Ю. М. Волынкин. Его спокойный характер, выдержка, вежливость и тактичность в обращении с людьми позволяли ему вести работу, не поступаясь требованиями официальных положений при назначениях и перемещениях медицинского и административно-хозяйственного состава медицинской службы. Личный состав управления работал напряженно и с должным прилежанием. Сравнительно быстро были налажены учет и отчетность. Это облегчило работу и способствовало лучшей расстановке медицинских кадров, их подготовке, обеспечению ими многочисленных формирований медицинских учреждений и органов управления, а также выполнению указаний руководства Наркомата обороны о подборе и направлении медицинских кадров польской национальности для формирования польских войск, сражавшихся на Западном направлении, и об оказании помощи медицинскими кадрами партизанским отрядам и Народно-освободительной армии Югославии, а также Чехословацкой бригаде, а в дальнейшем корпусу, действовавшему на Юго-Западном направлении в составе одного из Украинских фронтов.
После передачи 28 августа 1941 года банно-прачечного отдела ГВСУ встал вопрос о создании в нем противоэпидемического и банно-прачечного управления. В январе 1942 года такое управление было создано. Были введены должности главного эпидемиолога и главного инфекциониста. Первая была совмещена с должностью начальника управления. Этим в известной мере предопределялся и подход к подбору кандидата на нее.
Противоэпидемическое управление возглавил профессор бригадный врач Т. Е. Болдырев. Воспитанник Военно-медицинской академии, ученик Я. Л. Окуневского, он обладал глубокими знаниями и области дезинфекции и дезинсекции, военной эпидемиологии и паразитологии. Совместно с Яковом Леонтьевичем Окуневским он написал и выпустил в свет в 1934 году «Практическое руководство по войсковой дезинфекции». После окончания в 1926 году академии и трех лет службы в войсках он стал адъюнктом, потом преподавателем самостоятельного курса дезинфекции, который возглавлял многие годы Окуневский. В 1934 году вышла в свет и другая его работа — «Банно-прачечное дело в РККА». Фундаментальные знания Т. Е. Болдырева в этих областях были жизненно необходимы для успешной борьбы с сыпным тифом — неизбежным спутником войн, представляющим главную опасность для запасных частей и особенно частей и соединений действующей армии. В связи с этим он был освобожден от должности начальника кафедры эпидемиологии Куйбышевской военно-медицинской академии и назначен начальником этого управления. Я должен остановиться несколько подробнее на выборе данной кандидатуры еще и потому, что управление должен был возглавить не только высококвалифицированный эпидемиолог, прекрасно знающий дезинфекцию, дезинсекцию и банно-прачечное дело, но и стойкий, несгибаемый энтузиаст этого дела, способный зажечь огонек в людях, волею судеб принявших участие в профилактике эпидемиологических заболеваний. Меня не покидала мысль о недооценке банно-прачечного дела руководящим составом медицинской службы, которая откровенно проявилась на апрельском совещании 1940 года в Ленинграде. Моя точка зрения об единстве банно-прачечного дела с противоэпидемической защитой войск в условиях войны тогда оставалась гласом вопиющего в пустыне, а предложение взять это дело из обозно-вещевого управления в руки санитарной службы было встречено гробовым молчанием и на совещании и после него, когда на нашу просьбу прислать в ВСУ свои соображения и рекомендации по этому вопросу не последовало ответа. Читая стенограмму совещания, я не допускал мысли, что его участники не понимали важности банно-прачечного дела в санитарном благополучии войск. Склонен утверждать, что они оценивали его как исключительно важный раздел противоэпидемической защиты войск, но считали его самостоятельным разделом, а не составной частью противоэпидемической службы. Как видно, аналогия с гражданским здравоохранением и мирной жизнью войск тяготела над ними, порождала ложную мысль о несовместимости этого важного, но не требующего специальных медицинских знаний дела с врачебной профессией. Хотя логика здесь и есть, но логика эта формальная.