Тогда же они послали очередную директиву войскам Южного фронта, в которой в очередной раз подтвердили решимость мер, направленных против махновцев. В приказной части этого документа были изложены четыре основные требования, предъявляемые к войскам фронта. Во-первых, было предписано вести борьбу с махновцами со всей решительностью и беспощадностью. Во-вторых, по занятии районов расположения махновцев требовалось произвести беспощадное разоружение всего населения. Это не значило только добровольной сдачи оружия. Под этим предлогом производились обыски. Уклонявшихся от разоружения и протестовавших против обысков — арестовывали. Разоружение стало поводом для избавления от всех враждебных элементов по любому доносу. Параллельно грабилось крестьянское имущество, совершались насилия…
В третьем пункте было требование: «В случае выхода каких- либо частей противника из-под наших ударов, вести конными частями их безостановочное преследование, не стесняясь никакими границами и имея в виду полное уничтожение всех остатков шаек». Таким образом, остатки махновских отрядов были обречены на физическое уничтожение.
Несмотря на строгий тон приказа, некоторые части Красной армии не смогли или не захотели мешать махновцам уходить из Крыма. Были случаи выхода больших воинских формирований. Так, поздно вечером 27 ноября 1920 года М. В. Фрунзе отдал приказ армиям фронта об уничтожении махновского отряда во главе с Каретниковым, состоящего из пулеметного и конного полков. Этот отряд прорвался через заградительную цепь, выставленную из частей Красной армии, и двигался в направлении Перекопа.
Михаил Васильевич потребовал беспощадного уничтожения этого отряда. Для этого кроме тыловых частей 4-й армии были выделены 4-я кавалерийская дивизия Первой Конной армии и одна дивизия 3-го кавалерийского корпуса. Таким образом, было достигнуто огромное превосходство над противником. К тому же для разведки местности и маршрутов движения махновских отрядов привлекалась авиация.
Борьба с формированиями партизанского типа оказалась намного сложнее, чем с войсками регулярной армии. М. В. Фрунзе, несмотря на богатый опыт подавления басмачества в Туркестане, испытывал большие трудности в борьбе с махновцами. Приходилось планировать целые войсковые операции. 5 декабря 1920 года М. В. Фрунзе отдает очередную директиву войскам Южного фронта, в которой, в частности, указывается: