К тому времени академия была переведена в здание, находившееся на улице Кропоткина, 19. Это было старинное здание, выполненное в классическом стиле. Полезные площади этого здания были значительно большими, чем у прежнего, но также недостаточными для Академии. Ютились в небольших комнатках, лекции читали в нескольких залах, в коридорах, в вестибюле.
Сегодня трудно судить, насколько выдающимся был вклад М. В. Фрунзе в историю Военной академии РККА. Безусловно, Михаил Васильевич был видным советским военачальником. Но за его спиной были гимназия и несколько месяцев учебы в университете, а затем революционная борьба, тюрьмы, каторга, подполье. При случае он учился, даже овладел иностранными языками. Но системным образованием эти знания назвать нельзя.
За время командования войсками в годы Гражданской войны он прошел путь от начальника милиции Минска до командующего фронтом. Руководимые им войска одержали ряд блестящих побед в этой неклассической войне. Затем — командование войсками Украины и Крыма. Быстрая и блестящая карьера на революционной волне. Пройти все эти должности — не значит их осмыслить. А в Академии предстояло учить других.
М. В. Фрунзе за свою боевую практику понял, насколько важен опыт военных специалистов, которые всегда были с ним рядом. Поэтому при организации учебного процесса особое внимание он уделял сочетанию опыта старых и молодых преподавательских кадров. Он решительно выступал против предвзятого отношения некоторых слушателей к преподавательскому составу, к старым военным специалистам. Михаил Васильевич писал: «К разрешению проблемы переработки старого опыта собственными силами, без помощи старых спецов военного дела, не готовы не только молодые академики, но и мы все в целом, без всякого изъятия. Необходимо идти рука об руку с оставшимся от старой армии составом генерального штаба, широко используя его знания и стремясь переварить в нашем красном котле все те элементы его, которые честно и искренне, без всяких оглядок и оговорок (а таких немало) работают над укреплением мощи Советского Союза».
Заслугой М. В. Фрунзе является и то, что он дал правильную оценку значения изучения в Военной академии РККА боевого опыта Гражданской войны. По этому вопросу все еще продолжались горячие споры и дискуссии, особенно на занятиях. Он разъяснял, что в понимании этого опыта имеются две ошибки: его недооценка старыми военными специалистами и переоценка молодыми военными работниками. М. В. Фрунзе указывал, что люди, отрицающие опыт Гражданской войны, к истине гораздо менее близки, чем те, кто придает ей преувеличенное значение. Поэтому в Военной академии РККА была увеличена программа изучения Гражданской войны, шире развернулась работа по исследованию ее опыта.
Вместе с тем новый начальник академии считал, что нельзя ограничиваться опытом Гражданской войны. Он понимал, что процесс технического переоснащения армии неминуемо приведет к изменению способов вооруженной борьбы, к чему необходимо заранее готовить военные кадры.
По инициативе М. В. Фрунзе и при его прямом участии в 1924\25 учебном году в Военной академии РККА был создан новый факультет снабжения. Его начальником был назначен С. Н. Красильников. Этот факультет с небольшим перерывом просуществовал 12 лет, готовя тыловых работников для Красной армии. На 1-й курс факультета снабжения было принято 22 человека, а всего он подготовил более 300 человек.
Были уточнены содержание учебной программы, порядок ее изучения и структура учебных курсов Военной академии. Признавался нерациональным принятый ранее порядок, при котором вся учебная программа изучалась на первом (младшем) и втором (старшем) курсах, а на дополнительном слушатели лишь разрабатывали четыре дипломные темы. При таком порядке слушатели первого и второго курсов испытывали большую перегрузку, нарушалась и последовательность в отработке вопросов учебной программы. Теперь дополнительный курс был преобразован в третий курс основного факультета. Изучение вопросов учебной программы равномерно распределялось между тремя курсами. На первом курсе изучалась тактика родов войск, на втором — общая тактика, на третьем — дисциплины курса стратегии. В соответствии с этим группировались учебные предметы других циклов, содержание которых ограничивалось минимумом вопросов, которые должен знать общевойсковой командир.