Новым, весьма важным, явлением в учебном процессе стало выделение из области стратегии оперативного искусства. Вместо господствовавшей до начала 20-х годов формулы «стратегия — тактика» вводится новая — «стратегия — оперативное искусство — тактика». Для разработки и преподавания новой дисциплины (оперативного искусства) в 1924 году создается кафедра «Ведение операций». Выделение оперативного искусства в самостоятельную дисциплину способствовало более глубокому изучению всего комплекса вопросов подготовки и проведения операций. В связи с этим был уточнен удельный вес учебных дисциплин. Основными предметами теперь становились стратегия, оперативное искусство, тактика, социально-экономические дисциплины, история войн и военного искусства, иностранные языки.
Повысились требования к преподавателям и слушателям в отношении качества выполнения учебно-воспитательных задач. Изменилось соотношение между теоретическим и прикладным (практическим) курсами обучения. Если в первые послевоенные годы упор в обучении делался на лекции и семинарские занятия, то с приходом в Военную академию РККА М. В. Фрунзе слушатели стали чаще привлекаться к участию в полевых поездках и к выполнению различных практических заданий на групповых занятиях и войсковой стажировке.
Совершенствуется методика проведения занятий. Широко внедряется так называемая лабораторная методика преподавания, сущность которой заключалась в том, что слушатели получали месячное задание, в котором указывались тематика всех дисциплин, количество часов на каждую тему, вопросы, отрабатываемые на классных занятиях с преподавателем и самостоятельно, и методы их отработки, а также сроки исполнения. По истечении месяца слушатель отчитывался за освоенный учебный материал, представляя конкретные записи. Возросла роль самостоятельной подготовки. На первом курсе, например, недельная нагрузка слушателя составляла 36 учебных часов, затрачиваемых на отработку учебных тем под руководством преподавателя, и 36 часов самостоятельной работы; на втором курсе — соответственно 30 и 42 часа. Слушатели получили возможность более глубоко изучать учебный материал и приобретать навыки в военно-научной исследовательской работе. Контроль за самостоятельной работой слушателей осуществлялся проведением семинаров, конференций и практических занятий. Все это способствовало развитию у слушателей активности мышления и творческого подхода к усвоению вопросов военного искусства.
Произошла реорганизация созданных при Военной академии РККА еще в 1921 году Высших академических курсов. Курсы обслуживались преподавателями академии, но не входили в ее состав. Отныне эти курсы, рассчитанные на 9 месяцев обучения, были включены в состав Военной академии РККА. Отныне они именовались «Курсы усовершенствования высшего командного состава» (КУВК).
В 1924 году в Военной академии РККА были созданы также Высшие военно-политические академические курсы (ВПАК). В 1926 году они были переданы в Военно-политическую академию.
Под руководством М. В. Фрунзе в 1924 году в Военной академии РККА была проведена первая военная игра. В ходе ее отрабатывались вопросы управления войсками во встречном сражении. Военные игры проводились затем регулярно, обычно в конце учебного года. Они позволяли исследовать новые оперативно- тактические вопросы и делать по ним выводы, которые использовались в учебном процессе и при разработке трудов.
В это время в Военной академии РККА была развернута научная работа. Обновлялись ранее изданные и разрабатывались новые труды, пособия и материалы по всем учебным предметам. Среди них особенно значительными были труды по общей тактике Н. П. Сапожникова и С. Г. Лукирского, по тактике пехоты — А. Г. Лигнау, конницы — В. Н. Готовского, артиллерии — А. Д. Сыромятникова и Е. К. Смысловского, по тактике бронесил — П. Д. Гладкова, по военно-инженерному делу — Д. М. Карбышева, по авиации — В. В. Хрипина, по связи — В. М. Цейтлина. Военная история нашла освещение в трудах К. П. Невежина, Н. Е. Какурина, А. А. Снесарева.
Был переработан курс «Служба Генерального штаба», имевший важное значение в повышении штабной подготовки слушателей. В академическом курсе службы штабов в то время содержались лишь общие и уже во многом устаревшие взгляды на работу Генерального штаба, сложившиеся в старой русской армии к началу Первой мировой войны. Для Красной армии была нужна новая теория службы штабов. Первым шагом к ее созданию был выход в свет в 1924 году трудов Н. Е. Варфоломеева «Техника штабной службы» и «Оперативные документы войсковых штабов». В них впервые с учетом опыта минувших войн излагались организация, содержание и методы работы общевойсковых штабов в военное время. Труды послужили основой для улучшения штабной подготовки слушателей. Многие их положения были учтены затем при написании первого Наставления по полевой службе щтабов Красной армии, изданного в 1926 году.