Из Дерпта студенческие корпорации распространились в Московском, Санкт-Петербургском, а затем и Казанском университетах, однако большого развития не получили. Одной из причин явилось то, что университеты, имевшие первоначально широкую автономию, вскоре потеряли ее и попали под жесткий контроль Министерства народного просвещения в лице попечителей учебных округов. Однако студенческие корпорации сохранялись в университетах всю первую половину XIX в., а в Дерптском университете и в эпоху царствования Александра II, когда они получили наконец официальное право на существование.
По сути дела, первыми корпорациями, сформировавшимися в Дерптском университете, стали организации Curonia (с 1808 г.), Estonia (с 1821 г.), Livonia (с 1822 г.), Fraternitas Rigensis (с 1823 г., объединявшая рижских граждан); все они были скорее землячествами, объединившими выходцев (почти исключительно – немецко-остзейских студентов, в некоторых случаях – из смешанных семей, но значительно германизированных) из остзейских губерний, соответственно – Курляндии, Эстляндии, Лифляндии и из города Риги. Обычно в конце семестра происходило общее собрание представителей корпорации с участием профессорского сословия. Эти собрания –
Не увенчалась успехом попытка выходцев из княжества Финляндия создать корпорацию Finnonia: не было собрано достаточного количества участников. Зато вскоре начали образовываться аналогичные им корпорации, объединявшие поляков (Polonia, с 1828 г.), русских (Ruthenia, с 1829 г.). Помимо четырех старых корпораций в Дерпте в разное время действовали следующие немецкие корпорации: Baltica (1850–1856), Fraternitas Dorpatensis (1854–1933), Arminia Dorpatensis (1859–1866), Fraternitas Pharmaceutica Dorpatensis (позднее переименованная в Baltonia, 1872–1939), Neobaltia (1879–1939), Fraternitas Academica (1881–1939), Tarbatonia (1884–1887), Teutonia (1908–1933), Fraternitas Vigoria (1908–1916).
В 1820 г. устав 1803 г. заменен новым, им введены лишь некоторые ограничения при производстве следствия и суда над студентами за нарушение благочиния. Признаны были также «вредными и несовместимыми с обязанностями студентов» их корпорации, но вскоре за тем они были вновь разрешены. Студенческие корпорации российских университетов первой половины XIX в. существовали как бы нелегально: с одной стороны, их никто не разрешал, ни университетское начальство, ни правительство, но с другой стороны, они и не были запрещены. Такая жизнь корпораций продолжалась до середины 50-х годов XIX в., когда правительство вынуждено было их официально признать.
Устав 1820 г. действовал до 1865 г. В 1820-х гг. Дерптский университет считался выдающимся по составу преподавателей и с 1828 г. получил значение института для подготовки профессоров в другие русские университеты. В отчете графа С.С. Уварова в 1833 г. Дерптскому университету отведено «значительное место в ряду наших высших учебных заведений», хотя русский язык признается тут «недовольно уваженным предметом» (в 1836 г. решено усилить значение русского языка как предмета преподавания; в 1837 г. учреждена должность лектора русского языка в университете). Устав 1835 г. усилил контроль над университетами со стороны попечителей учебных округов. Этот контроль распространен в 1837 г. на Дерптский университет; во главе его стоял тогда попечитель Крафтштрем (1835–1854), управление которого причисляется к наиболее тяжелым временам Дерптского университета, тем более что к нему применили ст. 80 общего устава, предоставлявшую министру по собственному своему усмотрению назначать профессоров (на практике свобода выбора и приглашения преподавателей сохранилась до 50-х годов).