Наш распорядок дня: день начинается в 6 ч. утра. Умывание на берегу Серебряного озера (через подземный ход, у «Эхо»). Запасаемся водой. Чай (на примусе). К чаю приходит Арен и дежурный по связи с милицией (по распоряжению военного коменданта города один из нашей охраны проводит ночь в здании милиции — для связи). Составляется список дежурных на сутки (дежурство по шесть часов). Составляется меню обеда и выписываются продукты из кладовой. Карасев идет на кухню. Обход музея. Намечаются срочные работы в связи с новыми повреждениями (в основном заделка оконных рам фанерой и починка пробоин крыши) и работы по хозяйству. Копают картофель и т. п. Работы по подготовке к отправке вещей в Ленинград. Работы ведутся в соответствии с общей обстановкой. Прерываются при налетах и бомбежке. При артиллерийской стрельбе продолжаются. От 1-2-х ч. — обед. За ним „мертвый час”. Обычно к вечеру военные действия оживляются, для работы выбираем более спокойные промежутки. В 7 ч. вечера ужин (разогреваются остатки обеда на примусе или варится какая-нибудь каша). После ужина дежурный по связи идет в милицию на ночь. Записываю день (дневник). Пишу письма, читаю. В 9 ч. сон. <…>
6 сентября. Сносили бронзу на подъезд. Я запаковала два ящика № 69 (бронза) и № 70 (кладовая № 137). Первое появление мародеров в здании музея. Слабость нашей охраны. <…>
10 сентября. В 7 ч. приехали по Варшавской железной дороге в Ленинград от станции Ижора. <…>
11 сентября. В Ленинграде. С докладом у Исакова. Попытка проехать на грузовике в Гатчину за оставшимися музейными вещами. Остановлены у городской заставы Гатчины. <…>».
Как видно из дневника, 15 августа на дворец упала первая авиабомба, а уже 11 сентября немцы заняли Гатчину. Полностью эвакуировать фонды музея не удалось, и оставшиеся экспонаты были упакованы и спрятаны в подвалах дворца, часть скульптур закопали на территории парка, что-то закрыли мешками с песком.
Более двух лет хозяйничали в Гатчине оккупанты. В январе 1944 года при отступлении они заминировали стены Большого дворца и подожгли его. Часть коллекции немцы вывезли в Германию, а все, что не смогли забрать с собой, уничтожили. И хотя само здание сохранилось, все его интерьеры и большинство перекрытий сгорели. Погиб в огне Березовый домик, были взорваны практически все мосты в парке, более семи тысяч деревьев вырубили оккупанты на территории ансамбля. Приоратский парк за годы войны был полностью уничтожен.
После войны с 1950 по 1959 год дворец занимало Военно-морское училище Министерства обороны, а затем — ВНИИ «Электронстандарт», закрытое предприятие военно-промышленного комплекса. Уцелевшие мраморные и гипсовые детали интерьеров закрыли щитами, к 1948 году были восстановлены кровля, окна и межэтажные перекрытия, установлены двери. В парке проводились работы по разминированию территории, засыпались траншеи и воронки, были восстановлены дорожки. Скульптуру извлекли из земли и установили на прежние места. Работа по возрождению Гатчинского дворцово-паркового ансамбля производилась музейными работниками — С.Н. Балаевой, К.К. Мамаевым, И.В. Соколовой, Э.А. Тихоновской и другими. Многие разрушенные мосты были временно заменены на деревянные, а частично поврежденные пролеты восстанавливались в дереве, в виде, близком к садовой архитектуре Дворцового парка.
Большая проблема, не решенная и по сей день, — возвращение фондов Гатчинского дворца, которые были рассредоточены по другим музеям разных городов России. В 1945 году удалось вернуть коллекцию портретов, найденную в Рижском замке после освобождения Латвии от фашистов. Но, к сожалению, к настоящему времени только часть этой коллекции возвращена из других музеев и выставлена в залах дворца.
В 1945–1948 годах были подготовлены необходимые архивные материалы и рассмотрены проекты по воссозданию внутреннего убранства замка, но долгожданные реставрационные работы начались только в 1961 году, но и они были прерваны до 1976 года.
Первые возрожденные интерьеры посетители увидели только в мае 1985 года.
В 2005 году отреставрировали Малую анфиладу Главного здания; в 2008 — Парадную опочивальню, обитую голубым лионским шелком, специально заказанным во Франции. К настоящему времени для посетителей открыты парадные залы Главного корпуса, личные покои Александра III и членов его семьи, с большим трудом восстанавливается дворцовая церковь. Остальные помещения, в том числе и удивительные по красоте галереи, остаются в полуразрушенном состоянии.
Мы уже касались темы катастрофических утрат фондов дворца. Но многое из того, что удалось сохранить, так и не было возвращено в Гатчину. После войны большая часть коллекции была передана в Павловск, где и остается по сию пору; предметы из Гатчинского дворца-музея можно встретить в Ораниенбауме, Пушкине, Эрмитаже и Русском музее, мемориальном музее Ф.М. Достоевского, в Ярославском художественном музее. Этот список можно продолжать еще очень долго.