В начале 1890-х годов в Вене ходили слухи о романе Франца Фердинанда с Марией Кристиной, старшей дочерью эрцгерцога Фридриха и эрцгерцогини Изабеллы. Разговоры начались после того, как «в свете» заметили, что наследник стал часто и регулярно наносить визиты в их резиденцию в Пресбурге. Со временем он стал приезжать к ним два раза в неделю. Фридрих и Изабелла весьма поощрительно смотрели на эти посещения — еще бы, ведь появлялся шанс, что их дочь со временем станет императрицей! Однако родителей ожидало горькое разочарование.
Историю о том, как именно это произошло, передал Стивен Фей в «Происхождении мировой войны»: «…переодеваясь для игры в теннис в Пресбурге, Франц Фердинанд забыл свои часы, и лакей их принес эрцгерцогине Изабелле. Она открыла брелок, по всей вероятности, рассчитывая найти там фотографию своей дочери, но вместо нее там оказалась фрейлина. Можно себе представить чувство разочарования, охватившее мать. Графиня София была немедленно уволена со всеми знаками немилости и должна была в ту же ночь покинуть дом».
Фрейлина, «графиня София», чей портрет якобы оказался в часах эрцгерцога, происходила из чешского обедневшего аристократического рода Хотек (ее полное имя — София Мария Йозефина Альбина Хотек фон Хотков унд Вогнин). О ее внешности можно судить по многочисленным портретам и фотографиям. Очевидцы описывали ее как высокую, красивую и гордую женщину «со сверкающими глазами».
Она обладала острым умом, решительным характером и немалыми амбициями. Много говорили и о ее религиозности и даже утверждали, что сам Франц Фердинанд, уж на что был набожен, в этом сильно уступал Софии.
Известие об их романе, который они умудрялись скрывать более года, вызвало настоящий шок среди королевского семейства и в придворных кругах. Они «единым фронтом» повели наступление на наследника. Главный их аргумент состоял в том, что графиня Хотек не принадлежит к императорскому роду и, следовательно, не может вступить в равный брак с престолонаследником.
Сам император Франц Иосиф тоже категорически возражал против «безумной», по его словам, затеи племянника. Однако надо отдать должное Францу Фердинанду — он решительно заявил, что женится только на графине Хотек, и не изменил решения, несмотря на различные «происки» и увещевания многочисленных родственников. В конце концов, когда уже стало ясно, что Франц Фердинанд откажется скорее от титула наследника, чем от любимой женщины, император пошел на уступки. Он дал согласие на этот «неравный брак», но на определенных условиях, с которыми эрцгерцогу пришлось согласиться. 28 июня 1900 года в императорском дворце Франц Фердинанд зачитал «Акт об отречении», содержавший перечень основных условий, на которых император давал добро на этот брак:
«Наш брак с графиней Хотек является не равным, а морганатическим и должен считаться таковым отныне и навсегда. Поэтому ни супруга наша, ни дети, которыми, надеемся, благословит Господь наш брак, ни их потомки не будут пользоваться правами, титулами, привилегиями и т. д., принадлежащими женам эрцгерцогов и их потомкам от равных браков. В частности, мы еще раз признаём и заявляем, что, поскольку дети от нашего вышеупомянутого брака и их потомки не будут членами эрцгерцогского дома, они не будут пользоваться правом престолонаследия».
На этой церемонии присутствовали сам император, эрцгерцоги, придворные, министры и другие важнейшие сановники Вены и Будапешта.
Через три дня состоялось венчание — жениху тогда было 36 лет, а невесте — 32 года. Никто из представителей императорского дома, кроме мачехи эрцгерцога Марии Терезы, на церемонии не присутствовал. Император поздравил новобрачных телеграммой.
После венчания Франц Иосиф издал указ, по которому графине Хотек даровался титул герцогини фон Гогенберг. Но это не сделало ее равной в императорской семье. Придворный этикет, который тщательно соблюдался в Вене, очень болезненно задевал и ее самолюбие, и ее мужа. При австрийском дворе графиня фон Гогенберг была вынуждена сидеть не рядом с Францем Фердинандом, а в самом конце стола, позади всех эрцгерцогинь. Когда на балах и приемах эрцгерцоги входили в зал в паре с дамами соответствующего ранга, супруга наследника должна была появляться только одна.
Любопытно, что 1 октября 1909 года Франц Иосиф сообщил престолонаследнику, что его супруга отныне имеет право на обращение «ваше высочество», однако в то же время подтвердил, что ее статус при дворе — «после самой младшей эрцгерцогини».
При дворе по адресу Софии фон Гогенберг не раз отпускались различные шутки и весьма двусмысленные остроты, намекавшие на ее «низкое» происхождение. Наследник в весьма резком тоне высказывал претензии по поводу того обращения, которое была вынуждена терпеть его жена, но оно не менялось. Всё это отражалось на его и без того сложном характере. Мрачный и нелюдимый Франц Фердинанд и его супруга всё больше предпочитали не появляться на различных пышных торжествах, а уединяться в своих резиденциях.